Доска объявлений

Научная студенческая конференция «Этносы: коммуникации, конфликты, проблемы»

Министерство образования и науки Российской Федерации

 федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования

______________________________________________________________________

Институт истории и политики

Кафедра истории древнего мира и средних веков им. проф. В.Ф. Семенова

 

ИНФОРМАЦИОННОЕ ПИСЬМО

15 апреля 2017 года

состоится

III Межвузовская научная студенческая конференция

«Этносы: коммуникации, конфликты, проблемы»

 

В рамках конференции предполагается рассмотрение следующих проблем в изучении истории древнего мира и средних веков:

- проблемы формирования этносов (общие вопросы и конкретные примеры) в древности и средневековье;

- проблемы социальных отношений, экономического и политического развития в древности и средневековье;

- международные и дипломатические отношения в древности и средневековье;

- военные конфликты в древности и средневековье;

- особенности ментальности и мировоззрения в древности и средневековье;

- повседневная жизнь в древности и средневековье;

- политика и идеология в общества от древнего мира до раннего Нового времени.

Регламент выступлений: на пленарном заседании – 15 минут; на секционных заседаниях – 10 минут.

Язык конференции: русский.

Заявки просьба отправлять на почту отдельным файлом: glanam_yul@mail.ru (отв. Юлия Викторовна Куликова) до 1 апреля 2017 года с обязательным указанием темы письма — «студенческая конференция».

В заявке необходимо указать: полное ФИО, место учебы участника конференции (полные сведения с указанием почтового адреса и ФИО ректора или лица, на имя которого необходимо будет выслать приглашение), направление, курс, сведения о научном руководителе (ФИО, ученое звание, ученую степень, должность), контактную информацию (электронный адрес, телефон, почтовый адрес), а также необходимость оформления официального приглашения.

Для публикации до 1 мая 2017 г. необходимо представить статью, оформленную следующим образом: в правом верхнем углу указываются фамилия и инициалы автора, посередине страницы – название статьи или доклада. Статья должна быть объемом не более 10 тыс. печатных знаков. Требования к оформлению: 14 шрифт Times New Roman, полуторный интервал, абзацный отступ – 1,25, поля: слева, сверху и снизу – 2 см, справа – 1 см. Сноски оформляются согласно приложенному списку литературы. Список литературы помещается в конце статьи в алфавитном порядке, а в самом тесте в квадратных скобках указывает номер книги по списку и номер страницы [2.225]. Ссылки на источники можно помещать по тексту в круглых скобках в сокращенном виде, напр.: (Caes. B.G., I.24). В конце статьи должна быть размещена аннотация – не более 5-7 предложений с ФИО автора и названием статьи (не более 800 знаков с пробелами) – и ключевые слова – не более 5 – на английском языке.

По итогам конференции будет опубликован электронный сборник статей.

Оргкомитет конференции оставляет за собой право отклонить доклады, не соответствующие теме конференции.

Расходы на транспорт, проживание и питание участники конференции несут самостоятельно.

Начало работы конференции: 15 апреля 2017 года в 11:00 (регистрация участников начнется за 30 минут до открытия конференции) по адресу: г. Москва, ст. м. Юго-Западная, просп. Вернадского, 88, ауд. 322.

Ссылка на карту: http://maps.yandex.ru/-/CVGUQ2iB

К участию приглашаются студенты, магистранты и аспиранты всех форм и направлений обучения.

 

Научно-практическая конференция на Алтае «Народы Евразии: История. Культура. Языки»

ПРАВИТЕЛЬСТВО РЕСПУБЛИКИ АЛТАЙ

МИНИСТЕРСТВО ОБРАЗОВАНИЯ И НАУКИ РЕСПУБЛИКИ АЛТАЙ

МИНИСТЕРСТВО КУЛЬТУРЫ РЕСПУБЛИКИ АЛТАЙ

«НАУЧНО-ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ ИНСТИТУТ АЛТАИСТИКИ ИМ. С.С. СУРАЗАКОВА»

«НАЦИОНАЛЬНАЯ БИБЛИОТЕКА ИМЕНИ М.В. ЧЕВАЛКОВА»


ИНФОРМАЦИОННОЕ ПИСЬМО № 1

 Уважаемые коллеги!

Приглашаем Вас к участию во Всероссийской (с международным участием) научно-практической конференции «Народы Евразии: История. Культура. Языки», посвященной 65-летию образования бюджетного научного учреждения Республики Алтай «Научно-исследовательский институт алтаистики им. С.С. Суразакова» и 200-летию со дня рождения алтайского писателя и просветителя Михаила Васильевича Чевалкова.

Сроки проведения конференции: 10–14 июля 2017 г.

Место проведения: г. Горно-Алтайск.

 

Тематические направления конференции:

  1. История и археология народов Евразии;
  2. Традиционная и современная этническая культура народов Евразии;
  3. Состояние и перспективы развития языков народов Евразии;
  4. Актуальные проблемы литературы и фольклора народов Евразии;
  5. Музыка и вопросы образования в культуре народов Евразии.

 

В рамках конференции планируется:

 

Симпозиум «Наследие М. В. Чевалкова в контексте современных гуманитарных исследований», посвященный 200-летию со дня рождения алтайского писателя и просветителя Михаила Васильевича Чевалкова.

Предлагаемые темы для обсуждения на симпозиуме:

— М. В. Чевалков – основатель алтайской литературы;

— М. В. Чевалков и первые собиратели фольклорного и этнографического материала по Алтаю;

— Вклад М. В. Чевалкова в развитие алтайского языка;

— Просветительская деятельность М. В. Чевалкова.

 

Симпозиум «Творчество Н. К. Ялатова и актуальные проблемы алтайской фольклористики», посвященный 90-летию со дня рождения народного кайчы, знатока устного народного творчества алтайцев Николая Кокуровича Ялатова.

Предлагаемые темы для обсуждения на симпозиуме:

— Вклад Н. К. Ялатова в развитие устного народного творчества алтайцев;

— Носители фольклорной традиции сегодня;

— Современное сказительское искусство алтайцев;

— Устное народное творчество алтайцев: языковой аспект.

 

Порядок оформления участия в конференции:

К участию в конференции приглашаются российские и зарубежные исследователи. Командировочные расходы за счет направляющей стороны.

Срок подачи заявки и текста доклада (статьи) – до 19 мая 2017 г.

Статьи принимаются на русском, алтайском и английском языках.

Заявку и текст статьи (отдельными файлами, с указанием фамилии) необходимо прислать на адрес электронной почты: 65-niia.surazakov@mail.ru

Сборник планируется издать к началу конференции с присвоением международного стандартного номера ISBN. Сборник материалов конференции будет размещен в базе РИНЦ, для этого между издателем и автором/авторами заключается Авторский договор на условиях, указанных в авторском договоре-оферте.

 

Требования к оформлению статей:

Текст доклада должен быть оформлен в виде научной статьи (объемом до 10 стр.). Параметры текстового редактора – Word (doc); шрифт Times New Roman, 12 кегль; поля: верхнее и нижнее – 2 см, левое – 3 см, правое – 1,5 см; без переносов; межстрочный интервал – 1,5; выравнивание – по ширине, абзацный отступ 1,25.

Оформление заголовка: 1-ая строка – ФИО, 12 кегль, полужирный, выравнивание по правому краю; 2-ая строка – название доклада, 12 кегль, прописные, выравнивание по центру; 3-я пустая; 4-я строка – аннотация, ключевые слова (на русском и английском языках) – от 250 до 500 знаков с пробелами.

Ссылки в тексте оформляются в квадратных скобках с указанием порядкового номера источника и цитированной страницы, например: [1, с. 109]. Список литературы дается по алфавиту.

Специальные шрифты, использованные в тексте, высылаются вместе со статьей отдельным файлом.

Не использовать автоматическую расстановку сносок для списка использованных источников и литературы (допустимо только для примечаний по тексту).

Присвоение статье индекса УДК обязательно. УДК можно найти на сайте https://teacode.com/online/udc/.

Наличие знака копирайта © с указанием автора (авторов) и года в конце статьи, обязательно.

В электронном варианте статья должна быть представлена в отдельном файле.

Предоставляемый материал должен быть тщательно выверен и отредактирован.

Оргкомитет оставляет за собой право отклонения материалов, не соответствующих указанной тематике, требованиям по оформлению и присланным после указанного срока.

 

Образец оформления статьи:

УДК 398

З.С. Казагачева

НАУЧНОЕ НАСЛЕДИЕ С. С. СУРАЗАКОВА И РАЗВИТИЕ АЛТАЙСКОЙ ФОЛЬКЛОРИСТИКИ

 

Аннотация:

Ключевые слова:

Abstract:

Keywords:

Текст. Текст. Текст.

 

Источники и литература

  1. Ай-Сологой ло Кÿн-Сологой: Алтайские героические сказания. Сост. К. Е. Укачина. – Горно-Алтайск: Горно-Алтайское отделение Алтайского книжного издательства, 1989. – 352 с.
  2. Суразаков С.С. Героическое сказание о богатыре Алтай-Буучае: Исследование и тексты / ГАНИИИЯЛ. – Горно-Алтайск, 1962. – 177 с.
  3. Очы-Бала. [Электронный ресурс] http://altai-mountains.ru/articles/literature/altay_baatyrlar/?idnews=3189 (дата обращения 09.01.2017).
  4. РГАДА. Ф. 1. Оп. 1. Д. 120. Л. 18–19.

 

© З.С. Казагачева, 2016

 

Программа конференции:

10 июля – заезд участников и гостей конференции.

— Презентация книги М. В. Чевалкова «Житие Чевалкова» в Национальной библиотеке имени М. В. Чевалкова.

— Виртуальная выставка, посвященная М. В. Чевалкову, в Национальной библиотеке имени М. В. Чевалкова.

11 июля – пленарное заседание и работа симпозиумов:

- «Наследие М. В. Чевалкова в контексте современных гуманитарных исследований»;

— «Творчество Н. К. Ялатова и актуальные проблемы алтайской фольклористики».

12 июля – работа конференции.

13 июля – круглый стол «Традиционная культура и его возрождение в XX–XXI вв.».

14 июля – отъезд участников и гостей конференции.

 

Организационный взнос – 1000 руб., для аспирантов – 500 руб. Взнос уплачивается при регистрации в день открытия конференции.

По всем вопросам, касающимся конференции, просим обращаться в Оргкомитет. Адрес электронной почты: 65-niia.surazakov@mail.ru; Телефон/факс: +(38822)25304.

Сведения о конференции размещены на сайте НИИ алтаистики им. С. С. Суразакова: www.niialt.ru

Почтовый адрес: 649000, РФ, Республика Алтай, г. Горно-Алтайск, ул. Социалистическая, 6.

Координаторы: Тадышева Наталья Олеговна, заместитель директора НИИ алтаистики им. С. С. Суразакова. Тел. сот.: +79139920749.

Енчинов Эркин Валериевич, руководитель научно-исследовательской группы этнографии НИИ алтаистики им. С. С. Суразакова. Тел. сот.: +79136996343.

Ответственный секретарь: Дилекова Сурайа Дмитриевна, научный сотрудник научно-исследовательской группы этнографии НИИ алтаистики им. С. С. Суразакова. Тел. сот.: +79139983717.

К сведению зарубежных участников конференции

Для оформления официального приглашения необходимо прислать не позднее 19 мая 2017 г. по эл. почте (в адрес Оргкомитета 65-niia.surazakov@mail.ru):

  1. Сканированную копию первого разворота загранпаспорта (с фотографией, формат * jpg);
  2. Следующую информацию: 1) место работы и адрес; 2) занимаемая должность; 3) сроки пребывания в Российской Федерации; 4) место получения визы.

 

Заявка

для участия во Всероссийской (с международным участием) научно-практической конференции «Народы Евразии: История. Культура. Языки», посвященной 65-летию образования бюджетного научного учреждения Республики Алтай «Научно-исследовательский институт алтаистики им. С.С. Суразакова» и 200-летию со дня рождения алтайского писателя и просветителя Михаила Васильевича Чевалкова.

 

ФИО (полностью):

Ученая степень, ученое звание:

Должность, место работы: (полное и сокращенное название)

Название доклада:

Тематическое направление: (из перечисленных)

Почтовый адрес, индекс:

E-mail:

Контактный телефон:

Паспортные данные (для бронирования гостиницы): серия, номер, выдан (кем и когда)

Форма участия: очная/заочная

 

Смотрите на канале «Культура» фильм о Чатал-Гуюке

В субботу 25 марта в 17-30 на канале «Культура» выйдет фильм, в котором среди приглашенных экспертов — историки М. Мейер и А. Замостьянов, филолог А. Дыбо, генетик О. Балановский.  Несмотря на название фильма «Чатал-Гуюк. Загадка индоевропейской прародины» ученым в результате удалось превратить его утвердительную интонацию относительно происхождения индоевропейцев в вопросительную.

 

«Шаг в историческую науку» — конференция молодых ученых

Информационное письмо № 1

Уважаемые коллеги!

Исторический факультет Уральского государственного педагогического университета (УрГПУ) 20 апреля 2017 г. проводит очередную XVII научно-практическую конференцию молодых ученых «Шаг в историческую науку». Приглашаем принять участие в ее работе аспирантов, соискателей, магистрантов, студентов, учащихся.

На конференции предполагается работа следующих секций:

  1. Проблемы всеобщей истории.
  2. Проблемы отечественной истории IX–XIX вв.
  3. Проблемы отечественной истории XX – начала XXI вв.
  4. Теория и методика преподавания истории и обществознания.

Обращаем особое внимание на то, что с этого года для публикации тексты статей следует оформлять по требованиям РИНЦ (см. Приложение № 1 и № 2). Авторы, желающие только выступить на конференции (без публикации работы в сборнике), могут присылать свои заявки и тексты, оформленные не по требованиям РИНЦ (то есть без аннотации, ключевых слов и с подстрочными ссылками). В случае одобрения на конференции публикации работ, оформленных подобным образом, их авторам будет дано время для необходимого переоформления своих статей по требованиям РИНЦ.

Тексты статей принимаются до 17 апреля 2017 г. в электронном виде (файл называть по фамилии автора) на электронный адрес: echernoukhov@yandex.ru К тексту необходимо приложить анкету участника на русском и английском языке (см. Приложение № 3).

В случае соответствия текстов требованиям по содержанию и оформлению Вам будет направлено информационное письмо № 2. По итогам работы конференции лучшие работы в каждой из секций будут опубликованы в электронном сборнике в системе РИНЦ.

Координатор конференции: доц., канд. ист. наук Черноухов Эдуард Анатольевич. Телефон для справок 8(343)235-76-72 – кафедра истории России УрГПУ (Коурова Ксения, старший лаборант).

 

Просим Вас ознакомить с этим письмом всех заинтересованных лиц.

Приложение

Приложение № 1

Требования к оформлению текста доклада

  1. Текст статьи должен быть выполнен в формате Microsoft Word с расширением .doc (.docx) или .rtf, шрифт Times New Roman, кегль 14, поля 2,0 см со всех сторон, абзацный отступ – 1,25 см (не допускается абзацный отступ с помощью клавишей «пробел» и «табуляция»), интервал 1,5, выравнивание текста по ширине с автоматическими переносами. Уплотнение интервалов запрещено. Инициалы в тексте и ссылках соединяются с фамилией с помощью «неразрывного пробела» одновременным нажатием клавиш Shift+Ctrl+Пробел: И. О. Фамилия. Нумерация страниц не проставляется.
  2. Объем текста статьи не должен превышать 10 тыс. знаков с пробелами. Он должен содержать необходимые сведения об авторе, аннотацию и ключевые слова на русском и английском языках (образец их оформления см. в Приложении № 2). Аннотация статьи должна содержать 300–500 знаков с пробелами. Количество ключевых слов: 5–7 на статью.
  3. Текст статьи должен содержать библиографические ссылки, оформленные в соответствии с требованиями ГОСТ Р 7.0.5.-2008. При этом:
  • внутритекстовые библиографические ссылки приводятся в квадратных скобках, где делается ссылка на порядковый номер использованной работы в пристатейном списке литературы и страницу, например: [6, с. 65]. Если ссылка включает несколько использованных работ, то внутри квадратных скобок они разделяются точкой с запятой. Например: [4, с. 15; 5, с. 123].
  • затекстовые библиографические ссылки приводятся после текста статьи под общим заголовком «Литература». Библиографические ссылки должны быть пронумерованы и размещены в алфавитном порядке, а не в последовательности ссылок в самой статье.
  1. В тексте допускаются не более двух таблиц. Таблицы должны быть пронумерованы последовательно арабскими цифрами и иметь заголовки, размещаемые над ней. Выравнивание подписи – по центру, точка в конце подписи не ставится. Таблицы набираются шрифтом Times New Roman через один интервал, кеглем 12, в необходимых случаях допускается уменьшение размера кегля до 10. В тексте статьи обязательно делается ссылка на материалы таблицы в круглых скобках с указанием ее порядкового номера, например: (см. Табл. № 1).
  2. Обязательна проверка автором орфографии («вычитывание» текста). При его наборе следует различать тире и дефис, два различных вида кавычек, не набивать более одного пробела между словами, пользоваться только принятыми сокращениями.

Приложение № 2

Образец оформления начала и конца текста статьи по требованиям РИНЦ

 

УДК 338.49:94(470.5).071

ТИПОЛОГИЯ ГОРНОЗАВОДСКИХ ОКРУГОВ УРАЛА ПЕРВОЙ ПОЛОВИНЫ XIX в. ПО СОЦИАЛЬНОЙ ИНФРАСТРУКТУРЕ

Е. А. Иванов

Магистрант кафедры истории России

Уральский государственный педагогический университет,

проспект Космонавтов, 26,

620017, г. Екатеринбург, Российская Федерация,

эл. почта: eaivanov@yandex.ru

 

В статье обоснована авторская типология горнозаводских округов Урала первой половины XIX в. по организации и деятельности заведений социальной инфраструктуры: медицинских, учебных и общественного призрения. Для этого используется системный подход с двумя уровнями генерализации информации, уже примененный Е. Г. Неклюдовым при анализе горнозаводчиков региона. Типология проведена на основе совокупности количественных и качественных показателей по всем трем видам ее заведений.

Ключевые слова: горнозаводской округ, социальная инфраструктура, Урал.

 

  1. A.Ivanov

TYPOLOGY OF URAL MINING DISTRICTS IN THE FIRST HALF

OF XIX CENTURY IN THE WAY OF SOCIAL INFRASTRUCTURE

Ural State Pedagogical University,

prospect Kosmonavtov, 26,

620017, Ekaterinburg, Russian Federation,

e-mail: eaivanov@yandex.ru

The author justified his own typology of the Urals private mining districts of the first half of the XIX century in the way of the organization and operations of social infrastructure institutions: health, education and social charity. For that it was used a systematic approach with two levels of information generalization, which was already applied by E. G. Nekludov in the analysis of region mine owners. The typology was performed on the basis of set of quantitative and qualitative indicators for all three types of institutions.

Key words: the mining district, social infrastructure, the Ural region.

 

В результате здесь кардинально увеличилась численность собственных заведений социальной инфраструктуры: медицинских и учебных, а также, в меньшей степени, общественного призрения [2, с. 306–307]. Для типизации горнозаводских округов Урала по организации и деятельности социальной инфраструктуры автор использует системный подход с двумя уровнями генерализации информации, примененный Е. Г. Неклюдовым при анализе горнозаводчиков региона [1, с. 8].

 

Литература

  1. Неклюдов Е. Г. Уральские заводчики в первой половине ΧΙΧ века: владельцы и владения. Н. Тагил: НТГСПА, 2004. 600 с.
  2. Черноухов Э. А. Заведения социальной инфраструктуры частных горнозаводских хозяйств Урала накануне отмены крепостного права // Вестник Башкирского университета. 2014. № 1. С. 306–310.

 

 

Ó Иванов Е. А. 2017

Приложение № 3

 

Заявка участника

(оформляется на русском и английском языках)

 

Фамилия__________________________________________________________

Имя______________________________________________________________

Отчество__________________________________________________________

Статус автора (студент, магистрант, аспирант, соискатель) ________________________

Наименование учебного заведения ____________________________________________

Адрес учебного заведения __________________________________________________

Факультет, курс ___________________________________________________________

Контактные телефоны ______________________________________________

E-mail (указать обязательно):_______________________________________

Научный руководитель автора:

Ф.И.О. (полностью)________________________________________________________

Ученое звание, степень (при наличии): ________________________________________

 

 

Новый раздел на сайте «Новости от соседей»

На сайте появился раздел «Новости от соседей«, где вы найдете актуальные материалы от наших коллег и друзей — научно-популярных онлайн и оффлайн изданий.

На сайте появился Путеводитель по археологическим культурам

На сайте появился новый раздел «Путеводитель по археологическим культурам», в котором представлена сводка археологических культур, статьи о которых Вы можете найти в Словарике.

Авторизация

Подписка

Если Вы хотите еженедельно получать по почте подборку новых материалов сайта "Генофонд.рф", оставьте свой электронный адрес:


Свежие комментарии

Генофонд.рф
Синтез наук об этногенезе

Дискуссии о датировках

Скачать страницу в PDF

image252
Из книги О.П.Балановского "Генофонд Европы"

 Всеобщая грамотность, открывшая людям доступ к научным текстам, создает иллюзии, что чтение равнозначно пониманию.

В.А. Шнирельман

 

В возможности датировок миграций и других событий истории популяций заключается важное преимущество нерекомбинирующих («однородительских») генетических систем перед аутосомными (рекомбинирующими) генетическими системами. В тоже время получение надежных датировок является большой проблемой, ставшей предметом многих научных, околонаучных и даже лженаучных дискуссий. Поэтому на этом вопросе стоит остановиться подробнее.

Предположим, мы обнаружили монофилетичный кластер гаплотипов. Раз он «монофилетичный», то по определению представляет одну линию происхождения, значит все гаплотипы кластера произошли от одного исходного гаплотипа. И предположим, что мы знаем, от какого именно гаплотипа. С ходом времени в результате мутаций в пределах кластера будут возникать все новые дочерние гаплотипы (отличающиеся на один мутационный шаг), а от них, в свою очередь, будут возникать внучатые гаплотипы (отличающие на два шага), и так далее. И чем больше пройдет времени, чем больше новых гаплотипов возникнет, тем на большее число мутационных шагов они будут отличаться от исходного, то есть тем более разнообразные гаплотипы мы выявим в этом кластере. Следовательно, верно и обратное: чем большее разнообразие гаплотипов мы видим в пределах кластера, тем дольше он существует. То есть по разнообразию гаплотипов в пределах кластера мы можем судить о возрасте этого кластера. Эта логика проиллюстрирована на рис. 14. По сути, это и есть принцип молекулярных часов, где время отсчитывается происходящими мутациями. Если скорость мутаций постоянна, то часы будут работать. Обо всем этом спора нет (оговорки, которые мы делали по ходу, говоря «предположим» и «если», разобраны в конце этого подраздела). Но споры начинаются, когда приходится решать, как именно подсчитывать разнообразие гаплотипов и как именно переводить его в годы.

 

new-1

Рис. 14. Молекулярные часы: нарастание дерева гаплотипов. Показан постепенный рост дерева гаплотипов: возникновение новых гаплотипов в результате мутаций. А. Один исходный гаплотип (встречен у многих образцов, поэтому большой кружок) и один производный (только у одного образца, маленький кружок). Б. Возник уже целый ряд производных гаплотипов. В. Из «дочерних» гаплотипов начали возникать уже «внучатые», а частота исходного гаплотипа уже почти не отличается от любого из производных. Г. Дерево приобрело сложную структуру, и уже нельзя однозначно понять, какой именно гаплотип был исходным.

 

 

МЕТОДЫ ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКОГО АНАЛИЗА

ПОСТРОЕНИЕ ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКИХ СЕТЕЙ.

Родство рассматриваемых гаплотипов принято отображать в виде филогенетического дерева. А когда однозначное дерево реконструировать не удается, и остаются равновероятные возможности, что превращение одного гаплотипа в другой шло тем или иным путем, то это отображается как слияние нескольких ветвей, то есть дерево превращается в сеть. Методология построения и анализа филогенетических сетей была хорошо разработана в популяционной генетике в 90-е годы прошлого века. Филогенетические сети были построены в программе Network 4.1.1.2 (Fluxus TechnologY-Ltd.) (www.fluxus-engineering.com) на основе алгоритма reduced median с порогом редукции, равным 1. Полученные графики затем редактировались и снабжались легендами в программе Network Publisher (Fluxus Engineering, Clare, U.K.). Построение филогенетических сетей мы проводили и по гаплотипам мтДНК, и по STR гаплотипам Y-хромосомы.

 

ВЫЯВЛЕНИЕ КЛАСТЕРОВ ГАПЛОТИПОВ.

На большинстве филогенетических сетей обнаруживается ряд более или менее компактных кластеров гаплотипов, выявление и датировка времени их происхождения стали важным аспектом многих современных исследований Y-хромосомы [Zhivotovsky et al., 2004; Rootsi et al., 2007; Derenko et al., 2007; Haber et al, 2010 и многие другие работы]. При этом нет алгоритма, автоматически выявляющего кластеры гаплотипов на сети, и определение числа и границ кластеров оставляется на усмотрение исследователя. Таким образом, проведение этой процедуры неизбежно оказывается до некоторой степени произвольным. Поэтому, чтобы минимизировать эту произвольность, при выявлении кластеров мы применяли следующие формализованные правила.

  • Поскольку большинство филогенетических сетей имеют четко выделяющуюся центральную зону (вероятный корень, от которого происходит гаплогруппа), мы считали кластерами только те группы гаплотипов, которые связаны с этим корнем через один и тот же узловой гаплотип (иными словами, кластерами считались только строго монофилетические ветви на реконструированной сети).
  • Этот узловой гаплотип рассматривался в качестве предкового гаплотипа-основателя (founder) для своего кластера. Выбор гаплотипа-основателя важен при расчете возраста с использованием показателя ρ.
  • Рассматривались только кластеры, содержащие 10 или более образцов, чтобы избежать ошибок в расчете возраста из-за малых объемов выборок.
  • В качестве популяционно-специфичных кластеров рассматривались только те группы гаплотипов, специфичность которых для данной популяции или группы популяций была выше 80%. Это означает, что в популяционно-специфичном кластере суммарная доля образцов из всех других популяций не может составлять более 20%.

ДАТИРОВКИ ПО ГАПЛОТИПАМ

РАСЧЕТ ИЛИ МОДЕЛИРОВАНИЕ?

Все предложенные методы можно поделить на методы расчета и методы моделирования.

Из методов моделирования в нашем исследовании использованы только BATWING (как один из способов датировки кластеров на Кавказе, раздел 4.3) и BEAST (как один из методов датирования ветвей филогенетического дерева, полученного по полным сиквенсам Y-хромосомы, раздел 5.4). BATWING кратко описан ниже в этом разделе, параметры применения BEAST – в разделе 5.4. Поскольку методы моделирования используются реже и бурных дискуссий не вызывают, в этом разделе мы будем говорить не о них, а только о методах расчета.

ТРИ СОСТАВНЫХ ЧАСТИ РАСЧЕТА ВОЗРАСТА.

Расчет возраста кластера очень прост: надо накопленное разнообразие поделить на скорость возникновения мутаций и умножить на длину поколения. Например, если разнообразие у нас оценивается в 40 условных единиц, а скорость мутаций 2 единицы за поколение, то понятно, что это разнообразие накопилось за 20 поколений. А если новые поколения людей нарождаются, допустим, каждые 25 лет, то возраст кластера будет 500 лет: (40/2)*25=500. Но такая теоретическая простота наталкивается на практические сложности: как количественно выразить разнообразие, какова скорость мутирования, какова длина поколения?

С длиной поколения все относительно понятно — ее оценки, определяются в демографических исследованиях популяций, и, те которые используются  для анализа Y-хромосомы, варьируют не слишком сильно: от 25 до 33 лет. С методами чуть сложнее: в научной литературе наиболее широко используются два метода – показатели ρ и ASD, а в генетической генеалогии иногда используется и метод расчета по доле исходного гаплотипа. Хуже всего со скоростью мутирования: для STR гаплотипов Y-хромосомы (на которых в основном и рассчитывался возраст гаплогрупп до начала массового полного секвенирования Y-хромосомы в 2013 году) были предложены две скорости: «эволюционная» и «генеалогическая», и они различались в три раза! Рассмотрим эти три составные части последовательно, начав с методов.

 

МЕТОД ДАТИРОВКИ С ПОМОЩЬЮ ПОКАЗАТЕЛЯ ρ.

Этот классический метод [Forster et al., 1996] основан на подсчете среднего числа мутаций, накопившихся в пределах кластера (это число и обозначается ρ). Для этого метода необходимо иметь филогенетическое дерево, показывающее происхождение всех гаплотипов кластера друг от друга. Также необходимо знать, какой из гаплотипов является исходным (гаплотип-основатель – founder haplotype), т.е. первый гаплотип, из которого произошли все остальные. Расчет прост: поочередно рассматривается каждый гаплотип, для гаплотипа определяется число мутационных шагов, отделяющих его от исходного гаплотипа-основателя, и если такой гаплотип встречен более чем у одного образца, то это число умножается на число образцов. Когда такой расчет проведен для каждого гаплотипа, полученные величины суммируются и делятся на общее число образцов. Можно видеть, что по сути подсчитывается число мутационных шагов, на которое изученные образцы в среднем отстоят от исходного гаплотипа. Пример применения этого метода показан на рис. 15. Для простых филогенетических деревьев расчет легко проводится вручную, но он также автоматизирован в программе Network. В работе [Saillard et al., 2000] описана возможность расчета статистической ошибки показателя ρ, а возможные погрешности обсуждаются в [Cox, 2008].

 

new-2

Рис. 15. Расчет возраста кластера гаплотипов с помощью показателя ρ. Показано дерево родства гаплотипов: один исходный (большой кружок, встречен у 9 образцов) и 10 производных гаплотипов, из них девять гаплотипов встречены только у одного образца каждый, а десятый гаплотип встречен у двух образцов. Для гаплотипа, выделенного зеленым, подписаны показатели n (встречен у одного образца) и L (отстоит от исходного гаплотипа на два мутационных шага). Проведен расчет показателя ρ – суммировано число образцов в гаплотипах, умноженное на число шагов от данного гаплотипа до исходного: шесть гаплотипов отстоят на один шаг и представлены одним образцом каждый (6*1), один гаплотип отстоит на один шаг и представлен двумя образцами (1*2), три гаплотипа представлены одним образцом и отстоят на два шага (3*2), исходный гаплотип представлен 9 образцами и отстоит сам от себя на ноль шагов. Величина ρ в данном примере составляет 0,7.

 

 

ДАТИРОВКИ С ПОМОЩЬЮ ПОКАЗАТЕЛЯ ASD.

Для использования этого второго метода не требуется знать ни гаплотип-основатель, ни схему возникновения из него остальных гаплотипов. Метод состоит в определении средних квадратичных различий (average squared difference — ASD) между STR-гаплотипами [Sengupta et al., 2006]. То есть вновь как бы рассчитывается среднее расстояние от исходного гаплотипа до каждого гаплотипа в выборке, но за исходный гаплотип по каждому STR-маркеру принимается не предполагаемый гаплотип-основатель, а средневзвешенное значение этого STR-маркера во всех изученных образцах. Накопленное разнообразие оценивается также иначе — по дисперсии значений в разных образцах вокруг этого среднего. Проводится расчет отдельно для каждого STR-маркера, а затем результаты по всем маркерам усредняются. Этот расчет несложно провести вручную, а удобнее всего – просто в Excel.

 

ДАТИРОВКИ ПО ДОЛЕ ИСХОДНОГО ГАПЛОТИПА.

Этот метод требует только знания того, какой гаплотип является исходным. Определяется его частота, и из нее рассчитывается прошедшее время: чем больше прошло времени, чем меньше становится эта частота, поскольку исходный гаплотип постепенно мутирует в производные. Убывание доли исходного гаплотипа описывается логарифмической формулой, используемой во многих областях науки: например, для характеристики радиоактивного распада (доля нераспавшихся ядер убывает со временем) или для характеристики словарного состава (доля не заместившихся слов из списка Сводеша убывает со временем по тому же закону). Этот метод используется только в генетической генеалогии и в ДНК-генеалогии и не был опубликован в признанных научных журналах. Поэтому я затрудняюсь привести точную ссылку – но среди пользователей метода общепринято считать, что он был разработан Дмитрием Адамовым и Анатолием Клесовым.

 

СРАВНЕНИЕ МЕТОДОВ РАСЧЕТА.

Ранжируя методы от простого к сложному, начнем с доли исходного гаплотипа.

Его достоинством является то, что дерево филогенетических отношений гаплотипов – которое на практике нелегко реконструировать надежно – знать не требуется. Но тем же   достоинством обладает и метод ASD. Недостатком – и весьма существенным – метода доли исходного гаплотипа является то, что он применим только для самых простых филогенетических схем, лишь для самых начальных этапов истории новой гаплогруппы. Например, в примерах на рис. 11 этот метод был бы применим только в случаях А и Б, а уже в случае В погрешность при его применении становилась бы огромной: ведь стоит в выборке случайно оказаться не двум, а трем или одному образцам с исходным гаплотипом, и его доля изменится в полтора-два раза, а значит, кардинально изменится и оценка возраста. От этого недостатка свободны и метод расчета ASD, и метод расчета ρ.

О двух достоинствах метода ASD уже сказано выше. Недостатком его является чрезмерная упрощенность модели: ведь «среднестатистический» гаплотип вовсе не обязательно является предковым, и, главное, усреднение значений по всем локусам как бы игнорирует, что в действительности они не являются независимыми и существуют лишь в полном сцеплении друг с другом в виде конкретных гаплотипов.

Поэтому наиболее обоснованным является показатель ρ. Но и он не свободен от недостатков. Ведь для его использования требуется — не всегда известное — древо родства гаплотипов.

Резюмируем: когда дерево родства гаплотипов реконструировано надежно, оптимален метод ρ, в противном случае целесообразно применить ASD, а расчет по доле исходного гаплотипа не оптимален ни в каком случае.

 

СКОРОСТЬ МУТИРОВАНИЯ.

Для определения скорости мутирования любых участков генома возможны два подхода: прямой подсчет и калибровка.

Первый подход — прямой подсчет — состоит в сравнении генотипов родителей и их потомства. Хотя мутации случаются редко, но при больших выборках можно обнаружить достаточное их количество. Частота встречаемости мутантных аллелей в поколении потомков по сравнению с поколением родителей и будет скоростью возникновения мутаций. Такие исследования для STR-маркеров Y-хромосомы были проведены неоднократно – в основном благодаря тому, что STR-маркеры Y-хромосомы часто генотипируются при определении отцовства. В результате таких определений накапливаются многие сотни случаев, когда отцовство несомненно подтверждается (в том числе по другим маркерам), а значит, имеются генотипы отцов и сыновей, и можно определить, как часто в них происходили мутации. Таких исследований было проведено немало [Gusmao et al., 2005; Sánchez-Diz et al., 2008; Ge et al., 2009], каждый раз на все больших объемах выборок. Результаты всех этих работ совпали, что является важнейшим подтверждением корректности этой оценки частоты мутаций. Средняя скорость мутирования изученных STR-маркеров (обычно использовался 17-маркерный набор Y-filer) составляет 2.1*10-3 на локус за поколение. То есть для среднестатистического STR-маркера вероятность мутировать при передаче от отца к сыну составляет 0,0021 – примерно двадцать один шанс из десяти тысяч. Поскольку эта скорость мутирования определена при прямом подсчете числа мутаций в известных родословных, она получила название «генеалогической».

Второй подход — калибровка — состоит в определении разнообразия гаплотипов, накопленного популяцией за время ее существования. Для этого нужно изучить популяцию, для которой известно время ее «основания», и найти в ней кластеры гаплотипов, возникшие за все время существования популяции и роста ее численности от небольшого числа основателей до современной численности. Понятно, что этот подход намного сложнее и у него больше потенциальных источников погрешности. В то же время подход калибровок является общепринятым в науке – достаточно привести пример калибровок в радиоуглеродном методе датирования. При этом определяется доля распавшихся атомов для образца с известным возрастом и отсюда вычисляется, с какой скоростью распадаются атомы. И эта скорость потом применяется для расчета возраста других образцов, для которых тоже определена доля распавшихся атомов, но возраст неизвестен. Скорость мутирования STR-маркеров Y-хромосомы была определена в работе [Zhivotovsky et al., 2004] на двух примерах. Ими послужили кластеры гаплотипов, накопленные в популяции маори, сформировавшейся в результате миграции полинезийцев на дотоле необитаемую Новую Зеландию не позднее 800 лет назад, и в популяции цыган Болгарии, сформировавшихся в результате исторически датированной миграции предков цыган из Индии и их разделения на эндогамные группы внутри Европы около 900-1000 лет назад. К сожалению, других работ по калибровке скорости мутирования Y-STR маркеров не было проведено, поэтому отсутствуют независимые подтверждения (как, впрочем, и опровержения) этой скорости. При оценке этим методом для среднестатистического STR-маркера вероятность мутировать при передаче от отца к сыну составляет 0,0007 – примерно семь шансов из десяти тысяч. Эта скорость получила название «эволюционной», поскольку определена для эволюционирующей популяции.

Как видим, «эволюционная» и «генеалогическая» скорости различаются в три раза (!) – семь шансов или двадцать один шанс из десяти тысяч. Поэтому и возраст гаплогрупп, рассчитанный при использовании той или иной скорости, будет различаться в три раза. Научные дискуссии по этой проблеме описаны чуть ниже.

 

ДЛИНА ПОКОЛЕНИЯ

Для перехода от датировок в числе поколений к датировкам в годах требуется задать длину поколения. В данном исследовании во всех методах нам пришлось пользоваться двумя разными величинами длины поколения для двух мутационных скоростей.

При использовании эволюционной скорости мутирования, длина поколения принималась равной 25 лет, поскольку эволюционная скорость была первоначально определена в годах и пересчитана в поколения при использовании именно такой длины поколения [Zhivotovsky et al., 2004].

При использовании генеалогической скорости мутирования, длина поколения принималась равной 30 годам, поскольку данная величина примерно соответствует длине поколения для мужчин, определенной в демографических исследованиях [Fenner, 2005], и та же величина была определена для кавказских популяций при их генетико-демографическом исследовании [Почешхова, 2008].

 

ДАТИРОВКИ ПО ПОЛНЫМ СИКВЕНСАМ Y-ХРОМОСОМЫ

В самые последние годы в изучении Y-хромосомы произошла «полногеномная революция» — стали стремительно накапливаться данные не по нескольким десяткам STR-маркеров, а по нескольким миллионам позиций на Y-хромосоме, каждая из которых представляет собой потенциальный SNP-маркер. И хотя скорость мутирования SNP маркеров намного меньше, чем STR, но за счет их огромного числа теперь каждый секвенированный образец характеризуется своим собственным набором из встреченных только у него SNP-маркеров, и каждая ветвь на дереве тоже несет несколько специфичных для нее маркеров. Тем самым решается проблема неоднозначной реконструкции дерева – дерево теперь обычно реконструируется однозначно. Предковый гаплотип тоже четко определяется по дереву. То есть снимаются основные проблемы, свойственные применению ρ-показателя. Метод расчета возраста гаплогрупп по полногеномным данным столь прозрачен, что обычно даже не обсуждается, но по сути это именно ρ – среднее число мутаций от предкового узла-гаплотипа до гаплотипов-потомков служит мерой возраста кластера, происходящего от этого предкового узла. Мерой возраста, выраженного в числе мутаций – но ведь нужно знать также скорость мутирования и длину поколения?

Скорость мутирования для полного секвенирования Y-хромосомы уже определена во многих исследованиях. Причем в отличие от скорости STR, и прямой подсчет, и калибровки получены в нескольких работах, причем для калибровок использованы самые разные подходы (рис. 16). На этом рисунке показаны величины скорости, полученные во всех этих исследованиях. Видно, что первоначально (статьи 2009 — 2012 годов) разброс был почти двукратный, но почти все последующие исследования (можно надеяться, более основательные) дали близкие оценки, и центр тяжести определений скорости явно находится около величины 0,8*10-9 мутаций на нуклеотид в год. То есть для среднестатистического нуклеотида на Y-хромосоме вероятность мутировать за один год составляет примерно восемь шансов из 10 миллиардов. Разумеется, для одного отдельно взятого нуклеотида это весьма редкое событие, но если секвенируются, скажем, 10 миллионов нуклеотидов, то вероятность мутации хотя бы одного за один год составляет восемь шансов из ста. А за сто лет – уже восемьдесят шансов из ста. То есть одна мутация произойдет в среднем за 120 лет. Значит, за тысячу лет (это небольшой срок для объектов популяционных исследований) произойдет уже целых восемь мутаций, то есть по числу мутаций можно оценить возраст гаплогруппы с приемлемой статистической погрешностью.

Важно, что полногеномная «эволюционная» скорость (полученная по калибровкам заселения Сардинии [Francalacci et al., 2013] и Америки [Poznik et al., 2013]) совпала с полногеномной «генеалогической» скоростью, полученной по многочисленным исландским родословным [Helgason et al., 2015]. Расхождение между этой и более ранней генеалогическими оценками [Xue et al., 2009; Helgason et al., 2015] составляет лишь 13% и несомненно, что предпочтение следует отдать более поздней и основанной на несравненно большем объеме данных «исландской» скорости. Конечно, любая из этих оценок не бесспорна: например, использованная дата заселения Америки (15 тысяч лет) весьма условна, поскольку, например, при калибровке скорости мутирования митохондриальной ДНК [Forster et al., 1996] та же дата принималась равной 25 тысячам лет.

Способ оценки скорости мутирования, использованный в нашей собственной работе [Balanovsky et al., 2015] мы назвали «клановым», потому что он является промежуточным между калибровкой и подсчетом по родословной: скорость определена по разнообразию, накопленному в популяции (что роднит с калибровкой), но изученная казахская популяция аргынов, как выяснилось, происходит преимущественно от одного основателя-родоначальника (что роднит с подсчетом по родословной).

Наконец, в работе [Karmin et al., 2015] использован еще один подход: подсчет числа мутаций, по которым современные гаплотипы отличаются от секвенированного древнего образца ДНК, который филогенетически может считаться их предком (точнее, расположен на филогенетическом дереве очень близко к своему общему предку с современными гаплотипами).

Что же касается вопроса о длине поколения, то при оценках «полнохромосомных» скоростей в качестве вводной информации использовались даты в годах (время заселения Сардинии и Америки, время жизни основателя клана, датировка древнего образца), поэтому и скорости указаны сразу в мутациях на год, и нет необходимости промежуточного пересчета через длину поколения.

Итак, в отличие от скоростей мутирования Y-STR-маркеров, в которых конкурируют две оценки, различающиеся в три раза, скорости мутирования при датировках по полным сиквенсам Y-хромосомы определены с приемлемой точностью, и существенных разногласий в этом вопросе нет.

 

new-3

Рис. 16. Оценки «полногеномной» скорости мутирования на Y-хромосоме. [Xue et al., 2009] – скорость 1*10-9 мутаций на нуклеотид в год. Проведен прямой подсчет мутаций по 1 родословной между 2 образцами, разделенными 13 поколениями. [Mendez et al., 2012] – скорость 0,62*10-9 мутаций на нуклеотид в год. На Y-хромосому просто перенесен скорость, принятая для аутосом. [Poznik et al., 2013] – скорость 0,82*10-9 мутаций на нуклеотид в год. Калибровка по заселению Америки, принимая дату равной 15 тысячам лет. [Francalacci et al., 2013] – скорость 0,65*10-9 мутаций на нуклеотид в год. Калибровка по археологическим датам заселения Сардинии. [Balanovsky et al., 2015] – скорость 0,78*10-9 мутаций на нуклеотид в год. Калибровка по времени жизни генеалогического предка изученных представителей рода казахов-аргынов (справедливость в данном случае генеалогических преданий подтверждается совпадением с реконструированным генетическим деревом). [Karmin et al., 2015] – скорость 0,74*10-9 мутаций на нуклеотид в год. Калибровка по древней ДНК, датированной радиоуглеродным методом, и современным образцам – ее потомкам. [Helgason et al., 2015] – скорость 0,87*10-9 мутаций на нуклеотид в год. Проведен прямой подсчет мутаций по 274 родословным между 753 образцами, разделенными 2449 поколениями. Желтыми стрелками показаны две первые опубликованные оценки, а красными – результаты последних исследований.

 

НАУЧНЫЕ ДИСКУССИИ

Трехкратные различия между «эволюционной» и «генеалогической» скоростями мутирования представляют собой научную проблему, ставшую предметом оживленных дискуссий [Zhivotovsky et al., 2004; Di Giacomo et al., 2005; Zhivotovsky et al., 2005; Zhivotovsky et al., 2006]. Естественно, что наибольшее число статей по этому вопросу опубликовано автором «эволюционной» скорости профессором Л.А. Животовским, искавшим причины таких различий. Последняя из перечисленных работ подводит итоги дискуссии и предлагает объяснение различий между скоростями.

Объяснение [Zhivotovsky et al., 2006] заключается в том, что гаплотипы возникают в популяции в таком количестве, как следует из «генеалогической» скорости, но часть из этих гаплотипов затем элиминируется дрейфом генов, и потому при рассмотрении сохранившихся гаплотипов (а только их, естественно, и может изучить исследователь в реальной популяции) обнаруживается меньшее разнообразие, чем разнообразие, возникавшее по ходу истории популяции, а потому и рассчитываемая по этим данным скорость мутирования оказывается меньше. Это предположение было подтверждено компьютерным моделированием, и был сделан важный вывод, что соотношение «генеалогической» и «эволюционной» скоростей может быть не только трехкратным, а практически любым, в зависимости от конкретных демографических параметров популяции, а также в зависимости от – во многом стохастической – демографической истории конкретной гаплогруппы. Иного объяснения трехкратным различиям скоростей в научной литературе предложено не было, и объяснение элиминацией части гаплотипов вошло в обиход.

В то же время оставалось непонятным, какой все же скоростью пользоваться на практике. Многие исследователи полагали, что поскольку эволюционная скорость была получена не для семей, а для популяций, то именно ее логично использовать для датировок истории гаплогрупп в популяциях. Некоторые другие авторы предпочитали генеалогическую скорость, а во многих работах приводились расчеты по обеим скоростям. Последний вариант особенно наглядно показывал реально существующую неопределенность в оценках возраста большинства гаплогрупп. Поэтому большинство специалистов предпочитали не основывать свои выводы на столь шатком фундаменте, как генетические датировки, и предпочитали другие основания, такие как географические закономерности в распространении гаплогрупп, градиенты их разнообразия, сравнение с лингвистическими и археологическими данными и другие подходы.

К вопросу сравнения двух скоростей мы вернемся в главе 7, в которой покажем, что генетические датировки, полученные для генофондов Кавказа с использованием генеалогической скорости, оказались в куда более хорошем согласии с лингвистическими и историческими датировками, чем полученные с помощью «эволюционной» скорости. Другим указанием в пользу «генеалогической» скорости являются данные полного секвенирования Y-хромосомы: в них «эволюционная» скорость не отличается существенно от «генеалогической», а значит, и для STR-гаплотипов «эволюционная» должна бы быть близка к твердо установленной (независимо показанной во многих исследованиях) «генеалогической» скорости.

В работе [Karmin et al., 2015] для нескольких десятков гаплогрупп были сопоставлены датировки, полученные по STR-маркерам и по данным полного секвенирования. Оказалось, что для молодых гаплогрупп (в пределах 5-10 тысяч лет) «эволюционная» скорость сильно занижает возраст, и для соответствия полногеномным результатам скорость мутирования STR-маркеров должна быть близка к генеалогической или даже превосходить ее. Зато для более древних гаплогрупп «эволюционная» скорость подходит лучше, а начиная примерно с возрастов порядка 30 тысяч лет скорость мутирования STR-маркеров, требующаяся для совпадения результатов с полногеномными, фактически совпадает с «эволюционной» скоростью.

Итак, по мнению автора, окончательной ясности в этом вопросе нет, но большинство аргументов указывают на обоснованность применения в большинстве случаев «генеалогической» скорости мутирования при обработке данных по Y-STR маркерам. Впрочем, этот вопрос потерял свою остроту, поскольку возраст гаплогрупп теперь достаточно надежно определяется по результатам полного секвенирования Y-хромосомы. А для датировок тех совсем молодых кластеров в пределах этих гаплогрупп, где требуется использование быстромутирующих STR маркеров, сама их молодость (приближающая их временной диапазон к диапазону известных генеалогий) обосновывает применение к ним «генеалогической» скорости.

 

ОКОЛОНАУЧНЫЕ И ЛЖЕНАУЧНЫЕ ДИСКУССИИ

ОКОЛОНАУЧНЫЕ ДИСКУССИИ.

Словом околонаука – надеюсь, не обидным – назовем исследования в области генетической генеалогии, поскольку их в основном проводят люди, которые сами себя называют «любителями», противопоставляя «профессионалам» — обычным популяционным генетикам. Это та сфера, что на Западе называется citizen science – наукой, которой занимаются не профессиональные ученые, а обычные люди. Эти исследования действительно находятся около науки – являясь научными по предмету исследований, они не всегда следуют строгой научной методологии. Они находятся около науки и формально, поскольку не интегрированы в сложившуюся структуру науки, хотя иногда взаимодействуют с ней. Настойчивость, энтузиазм и несомненная талантливость помогают многим представителям генетической генеалогии получить значимые результаты, часть из которых со временем входит и в академическую науку. Однако отсутствие навыков критического подхода, поверхностность познаний и склонность к ангажированным интерпретациям приводят некоторых других представителей генетической генеалогии к выводам, имеющим с наукой мало общего.

Вообще же главное, но легко преодолимое расхождение между генетической генеалогией и популяционной генетикой кроется в причинах психологических. Представителям науки нелегко принять форму, в которой генетическая генеалогия подает свои результаты (например, в виде серии не всегда связанных между собой кратких «постов» на интернет-форумах). Представители же генетической генеалогии, похоже, склонны компенсировать естественно возникающее в их положении «любителей» ощущение неполноценности острой критикой в адрес популяционных генетиков-«профессионалов».

Излюбленным предметом этой критики является как раз скорость мутирования.

Неудивительно, что генетическая генеалогия выбрала для своих расчетов «генеалогическую» скорость мутирования, которая, действительно, подтверждается не только на парах «отец-сын», но и на более глубоких генеалогиях. Но удивительно, с каким энтузиазмом критикуется скорость «эволюционная». Такая острота характерна для вопросов принципиальных, а скорость мутирования вовсе не является ключевым вопросом для популяционной генетики, ведь датировки по изменчивости STR-гаплотипов Y-хромосомы являются очень незначительным ее разделом.

Генетики, как правило, сознают трудность надежного определения возраста гаплогруппы – ведь даже если решить проблему скорости, останется вопрос неполноты выборки гаплотипов (многие реально существующие подветви в анализируемой выборке могут отсутствовать), неточности реконструированного дерева (даже при использовании большого числа маркеров на дереве остаются – путь не всегда отображаемые — ретикуляции, превращающие ее в запутанную сеть), и даже точно определенный возраст гаплогруппы не всегда помогает достичь цели — датировать события в истории популяций. К тому же в ряде случаев трудность в определении абсолютного возраста гаплогрупп не скажется существенно на выводах, поскольку для решения многих задач достаточно относительного возраста, то есть важно определение последовательности появления разных гаплогрупп в изучаемом регионе — какая гаплогруппа распространилась первоначально, какие потом, а какие гаплогруппы маркируют наиболее поздние миграции.

Поэтому популяционные генетики относятся к расхождениям в датировках философски, а к самим датировкам – с изрядной долей скепсиса. Но генетические генеалоги отчего-то кладут вопрос датировок в сердцевину своего мировоззрения, и убеждены если не в точности каждой конкретной даты, то в принципиальной достижимости и принципиальной важности точных дат. Поэтому в отношении генетических генеалогов к генетике создается некая аберрация зрения: хотя расчеты возраста по STR-гаплотипам являются очень небольшой частью исследований Y-хромосомы, проводимых популяционным генетиками, и генетические генеалоги прекрасно знают эти исследования, генеалоги искренно убеждены, что «неправильная эволюционная скорость» является для работ популяционных генетиков краеугольным камнем и сводит на нет всю их ценность.

Нужно отметить, что в интернет-дискуссиях на эту тему нередко смешиваются совершенно различные вещи. Например, скорости мутирования и метод расчета возраста – хотя очевидно, что любой метод можно скомбинировать и с той, и с другой скоростью. Любопытно, что смешивая скорость и метод, многие генеалоги начисто отрицают эволюционную «скорость Животовского», но при этом пользуются методом ASD [Sengupta et al., 2006], хотя в этой статье Л.А, Животовский был вторым соавтором и, учитывая его квалификацию математика, скорее всего, занимался как раз разработкой метода.

Накал страстей поражает воображение. Не будем приводить здесь цитаты – желающие легко найдут их даже на наиболее основательном из русскоязычных интернет-сайтов по генетической генеалогии www.molgen.org, не говоря уже о сайтах, для которых не так характерны взвешенные высказывания. Не будем и развивать далее тему о проблемах взаимодействия популяционной генетики и генетической генеалогии. Лучше бегло упомянем те совместные достижения, которые получены в рамках сотрудничества представителей генетической генеалогии и одного лишь нашего коллектива. Это база данных Y-base, в наполнении которой большую помощь оказал Роман Сычев; база данных MURKA, текущая версия которой разработана Валерием Запорожченко; программа-предиктор, разработанная по нашему заказу Вадимом Урасиным, наши совместные статьи-диалоги с Вадимом Вереничем и Евгением Матюшонком на сайте Генофонд.рф, моя статья в «Российском вестнике генетической генеалогии», помощь ряду генеалогов, исследующих гаплотипы Кавказа и Закавказья, передача им групп фамилий (не индивидуальных, что относится к конфиденциальной информации, а именно групп) — для серий изученных нами гаплотипов, полезные совместные обсуждения и многое, многое другое. Можно надеяться, что эти реальные совместные достижения перевесят мифические противоречия, и русскоязычные генетики и генеалоги догонят и перегонят своих англоязычных коллег по части взаимопонимания, взаимопомощи и сотрудничества друг с другом.

 

ЛЖЕНАУЧНЫЕ ДИСКУССИИ.

«Лженаука» — сильное слово, но ДНК-генеалогия в варианте, пропагандируемом А.А. Клесовым, заслуживает его в полной мере. Это было давно понятно специалистам, а после публикации коллективной статьи 24 ведущих российских ученых — генетиков, лингвистов, археологов, историков, генетических генеалогов и других (Троицкий Вариант, №1 (170), 13 января 2015 г.), «ДНК-генеалогия Клесова» получила статус лженауки, так сказать, официально. Обсуждению лженауки было бы, наверное, не место в этой научной монографии, если бы А.А. Клесов не распространял ДНК-генеалогию настолько широко и агрессивно в русскоязычном интернете, что многие ученые, не являющиеся профессиональными генетиками, поневоле знакомятся с ней. Не будучи знакомы с реальной картиной генетических исследований истории народов – представленной в интернете весьма скудно – они иногда подпадают под очарование запредельного упрощения А.А. Клесовым генетических данных, методов и результатов. Нам придется подробнее обсудить это в главе 3, при рассмотрении генофонда славян – ведь именно историю славян «научный патриотизм» (термин А.А. Клесова) ДНК-генеалогии перекраивает наиболее активно. Здесь же рассмотрим лишь учение ДНК-генеалогии о расчете возрастов гаплогрупп по разнообразию гаплотипов.

От генетической генеалогии, в русле которой А.А. Клесов начинал свою деятельность на генетическом поприще он унаследовал (1) веру в непогрешимость «генеалогической» скорости мутирования и (2) в непогрешимость метода расчета возраста по доле исходного гаплотипа (разработанного им совместно с генетическим генеалогом Дмитрием Адамовым). За годы самостоятельной деятельности он (3) объявил «генеалогическую» скорость своим личным изобретением, (4) составил инструкцию расчета возраста и справочную таблицу, (5) ввел поправку на обратные мутации, (6) назвал все это единственно верным способом датировок, и более того – (7) новой наукой, не имеющей отношения к популяционной генетике.

Прокомментируем по пунктам.

(1) «Генеалогическая» скорость мутирования, действительно, неплохо обоснована. Забавно, что автор этих строк, который едва ли не больше чем, кто-либо другой из популяционных генетиков, доказывал преимущество именно «генеалогической» скорости мутирования перед «эволюционной», в интернет-публикациях А.А. Клесова фигурирует как убежденный приверженец «эволюционной» скорости. Должен сказать, что я не так уж убежден и в абсолютной правильности скорости «генеалогической», но именно она подтвердилась в двух исследованиях, которые мы проводили в разное время и на разных генофондах: это было одним из основных выводов и обобщающей статьи по Кавказу (Balanovsky et al., 2011) и статьи по калибровке полногеномной – и заодно основанной на STR – скорости мутирования (Balanovsky et al., 2015). Итак, вера в непогрешимость генеалогической скорости, хотя и имеет не научные истоки, вряд ли приведет к научным ошибкам, тем более на тех интервалах времени, с которыми имеет дело ДНК-генеалогия. Поэтому на этом первом пункте клесовское учение ДНК-генеалогии не вызывает нареканий.

(2) Метод расчета по доле исходного гаплотипа, как указывалось выше, правомочен, но имеет ряд ограничений и в целом наименее оптимален. Для датировок молодых кластеров с простой филогенетической структурой он приемлем, но для старых и сложных филогений скорее всего определит возраст хуже других методов. Вероятно, А.А. Клесов это знает, поскольку часто пользуется общепринятым расчетом по числу накопленных мутаций, а достоинством своего метода (доли исходного гаплотипа) называет не точность, а лишь простоту расчетов. Итак, и здесь особых проблем нет (хотя нет и преимуществ), и клесовская ДНК-генеалогия остается в рамках правомочных с точки зрения популяционной генетики методов.

(3) Объявление А.А. Клесовым «генеалогической» скорости своим изобретением требует сразу трех комментариев. Во-первых, им, насколько можно судить, действительно проводились исследования шотландских родословных и была получена, естественно, та же «генеалогическая» скорость мутирования, которая получалась всеми: была известна во многих исследованиях пар отец-сын, недавно получена нами на казахской родословной (Balanovsky et al., 2015), а также получалась и в ряде исследований в русле генетической генеалогии. Во-вторых, этот результат – возможно, вполне научный – не был никогда А.А. Клесовым опубликован в признанных научных журналах, и даже в его интернет-публикациях методы описаны недостаточно полно для их воспроизведения. Именно поэтому мне и пришлось выше ставить оговорку «насколько можно судить». В-третьих, если А.А. Клесовым и была независимо подтверждена известная задолго до него и многократно подтвержденная генеалогическая скорость, это не делает ее некой третьей «клесовской» скоростью – она остается все той же, следуя устоявшемуся термину, «генеалогической».

(4) Пошаговая инструкция расчета возраста — вещь, несомненно, полезная для начинающих любителей генетической генеалогии или ДНК-генеалогии, но не более того. Справочная таблица, в которой скорости мутирования приведены не только для обычного для популяционной генетики 17-маркерного набора STR-маркеров, но и для других наборов маркеров, предлагаемых компанией коммерческого ДНК-тестирования ftDNA, тоже полезна, хотя такие расчеты проводились и многими представителями генетической генеалогии. Итак, и на этом этапе противоречий с подходами популяционной генетики нет.

(5) Поправка на обратные мутации правильна, но только для наименее оптимального метода расчета по доле исходного гаплотипа и при внешне заданной скорости мутирования. Ведь действительно, могут происходить и обратные мутации производных гаплотипов в исходный, и они занизят наблюдаемую долю производных гаплотипов по сравнению с долей реально возникавших производных гаплотипов. Но для других методов расчета и при использовании калиброванных скоростей мутирования введение такой поправки было бы неверным, ведь обратные мутации могли происходить и в примере, послужившем основой калибровки, а значит уже в неявном виде учтены. Итак, и тут в методе расчета ДНК-генеалогии нет ошибок? Возможно. Хотя область применения сужается с каждым новым шагом до предельно простых случаев.

(6) Но ошибки точно начинаются с этапа, когда этот «клесовский» способ расчета объявляется единственно верным. Во-первых, он не «клесовский», а разработан популяционными генетиками и использовался задолго и независимо от А.А. Клесова. Во-вторых, этот способ не единственно верный: и расчет по числу мутаций, и особенно расчет по доле исходного гаплотипа имеют свои недостатки, да и «генеалогическая» скорость мутирования не бесспорна.

(7) Область деятельности (ДНК-генеалогия Клесова), основанная на позаимствованном из популяционной генетике методе датировок кластеров гаплотипов, объявляется новой наукой и популяционной генетике противопоставляется. Тут уже комментарии излишни — поскольку ДНК-генеалогия самим ее гуру выводится за пределы академической науки на просторы лженауки.

Стоит добавить, что этот вывод за пределы науки строится на странной нелепице, с завидным постоянством внедряемой в умы почитателей клесовской ДНК-генеалогии. Им внушается нелепое представление, что сфера исследований генетики не изменилась со времен монаха Грегора Менделя и что генетика занимается только генами — теми фрагментами наследственного материала, которые отвечают за фенотипические и иные признаки. А весь основной массив ДНК, о котором мы не знаем его связи с внешним проявлением, остается якобы бесхозным и именно его присваивает себе ДНК-генеалогия. Нелепый девиз: «Гены – генетике, а ДНК – ДНК-генеалогии», как ни удивительно, находит отклик в умах почитателей, имеющих среднее образование. Казалось бы, даже школьное образование обеспечивает понятие о генетике. Генетика – это отнюдь не «наука о генах». Это наука о наследственности и изменчивости. А наследственность, даже если рассматривать только связанную с ДНК, включает в себя множество самых различных типов нуклеотидных последовательность, среди которых гены составляют меньшинство. Как термин «атом» (т.е. «неделимый») используется и ныне, но означает совсем иное, чем для философов античности, так и термин «ген» используется и ныне, но означает совсем иное, чем для Иоганнсена, который ввел его более ста лет назад. Поэтому генетикам даже неловко разъяснять понятия, известные школьникам, что генетика работает со всем наследственным материалом, со всей ДНК, как и развеивать прочие невежественные постулаты ДНК-генеалогии. (Например, столь же невежествен постулат А.А. Клесова о том, что популяционная генетика якобы занимается путем от гена к признаку, хотя этим занимаются совсем иные разделы генетики и других биологических наук). Но именно с помощью наслаивания одних невежественных постулатов на другие и формируется лженаука ДНК-генеалогия, которые зарубежные коллеги назвали «генетической астрологией».

 

ДАТИРОВКИ В ЭТОЙ КНИГЕ

Датировки по данным полного секвенирования Y-хромосомы используются в разделе 5.4.,, а по данным о STR-гаплотипах наиболее последовательно и систематически применялись при исследовании генофонда Кавказа (раздел 4.3.). Для датировки STR-кластеров в пределах гаплогрупп использовались три метода:

1) Показатель ρ использовался для датировки кластеров, как описано в [Forster et al., 1996; Saillard et al., 2000].

2) Метод BATWING [Wilson et al., 2003], основанный на моделировании возникновения гаплотипов, был использован для получения независимых оценок возраста тех же кластеров.

3) Показатель ASD [Sengupta et al., 2006] использовался для определения времени, необходимого для накопления наблюдаемой изменчивости внутри популяции для всей гаплогруппы (а не для отдельных кластеров внутри гаплогрупп, в отличие от первого и второго методов анализа).

Хотя подавляющее большинство статистических расчетов в данном исследовании выполнены лично автором, но анализ методом BATWING проведен совместно с сотрудником Нью-Йоркского исследовательского центра IBM Дэном Платтом (Dan Platt), а расчет SD — вместе с научным координатором проекта «Генография» Давидом Сория (David Soria) в рамках совместного исследования [Balanovsky et al., 2011].

 

ДАТИРОВКИ С ПОМОЩЬЮ МЕТОДА BATWING.

BATWING позволяет определить временные границы, между которыми могла возникнуть мутация, впоследствии не повторявшаяся (unique event polymorphism — UEP). Обычно в качестве UEP используются SNP маркеры, но этот подход может быть расширен за счет использования «виртуальных мутаций», маркирующих кластеры STR гаплотипов, как описано в работах Cruciani с соавторами [Cruciani et al., 2004, 2006]. Выделялись популяции, в которых присутствуют эти кластеры, и расчеты методом BATWING включали все образцы из этих популяций с целью датировать UEP. Мы использовали те же параметры распределения, что и в работе [Xue et al., 2008].

BATWING также применялся для моделирования последовательности популяционных ветвлений и датировки точек ветвления. Кластеры гаплотипов, определенные на филогенетических сетях, никоим образом не учитывались в этих расчетах. Таким образом, эти результаты предоставляют методически независимую оценку времени разделения популяций.

 

ОГОВОРКА 1: МОНОФИЛЕТИЧНОСТЬ.

Все методы датировок кластеров исходят из предположения, что рассматриваемые гаплотипы реально происходят от одного предка. Но для этого нужно точно знать дерево происхождения гаплотипов друг от друга. При использовании полного секвенирования Y-хромосомы это достигается, но при использовании данных по STR-гаплотипам получаемое дерево является лишь приближенной реконструкцией реально происходившей эволюции гаплотипов. Конечно, чем больше STR-маркеров анализируются, тем точнее выделяются гаплотипы и лучше реконструируется их родство друг с другом, но даже при использовании и нескольких десятков, и более сотни STR-маркеров остаются неоднозначности в дереве.

Публикуемые схемы родства гаплотипов, даже если они отображаются в виде сетей (ретикуляции на сетях как раз предназначены для отображения разных возможных путей эволюции), часто создают иллюзию почти полной однозначности дерева. В действительности же эти схемы определяются порогами, задаваемыми программе при построении дерева, или внутренними алгоритмами самой программы. При использовании наиболее популярной программы Network сеть при отображении большинства возможных путей эволюции выглядит как спутанный клубок. Но при задании жестких условий исключения всех ветвей, кроме наиболее вероятных, клубок можно превратить в красивое звездообразное дерево, ретикуляции на котором остаются лишь там, где решительно невозможно отдать предпочтение одному из двух возможных путей. Более того, даже в названии статьи, описывающей метод построения медианных сетей [Bandelt et al., 2000] присутствует оборот «жадная редукция» (greedy reduction), указывающий на то, что исключение менее вероятных ветвей является неотъемлемой – и вполне разумной – особенностью метода. Но ведь эти не отображаемые на дереве пути эволюции тоже вполне возможны (особенно при жестких порогах). А значит та группа гаплотипов, которая на полученном дереве показана как происходящая из одного гаплотипа-основателя, на самом деле может включать гаплотипы, имевшие в действительности других предков, пусть скорее всего в какой-то мере и родственных приписанному им предку-гаплотипу.

Эта погрешность, неизбежная при использовании Y-STR данных, является наиболее серьезным препятствием для надежного определения возрастов кластеров – в ряде случаев не менее серьезным, чем трехкратные различия при использовании разных скоростей мутирования. Для минимизации этой погрешности можно только внимательно относиться к построению филогенетических схем, сравнивать схемы, полученные при разных параметрах и порогах, тщательно рассматривать детали топологии и брать в работу лишь те кластеры, которые представляются действительно монофилетическими группами.

По этому пути мы шли в анализе филогенетических сетей гаплогрупп на Кавказе, и очень полезным оказалось следование некоторым формальным правилам. Например, при выделении какой-либо группы на сети в качестве кластера, все гаплотипы сети, дистальные по отношению к гаплотипу-основателю, обязательно должны быть включены в кластер.

 

ОГОВОРКА 2: НАЙТИ ОСНОВАТЕЛЯ.

Выделение этого гаплотипа-основателя представляет собой отдельную проблему. В идеальном случае на сети выявляется четкая звездообразная структура с одним гаплотипом в центре, представленном у большого числа образцов и расходящимися от него по лучам гаплотипами-потомками (каждый из которых представлен у меньшего числа образцов, чем основатель) и потомками потомков (рис. 14 Б, В). Такая структура действительно иногда выявляется в реальных данных. Но куда чаще приходится работать с филогенетической сетью сложной топологии, на которой просматриваются группы гаплотипов, лишь отдаленно напоминающие звездообразную структуру. В этом случае предковым стоит считать тот гаплотип, который, во-первых, представлен у большого числа образцов, а во-вторых, имеет большое число потомков. При противоречии между этими правилами предпочтение стоит отдавать «правилу потомков», потому что частота предкового гаплотипа могла уменьшиться, а частота одного из потомков случайно вырасти. Но если у гаплотипа на сети совсем мало потомков, то и у нас совсем мало оснований считать его исходным гаплотипом кластера.

Еще одно правило, тоже выработанное при изучении кавказских гаплотипов: предковый гаплотип обязательно должен быть в своем кластере ближе всех к центру сети (общему предку всех вообще гаплотипов на сети). Иными словами, мы запретили себе допускать «мутации назад» при интерпретации филогенетической сети, и включать в кластер гаплотип, который согласно сети, является «предком предка» (или, если уж его включать, то его и принимать за предка). Это правило введено из тех соображений, что достаточно уже той неизбежной погрешности, которая внесена при построении сети объективным методом, и не стоит увеличивать погрешность за счет субъективных предположений, что родство гаплотипов могло быть не таким, а чуть иным. Правильнее принимать построенную сеть как данность и выделять кластеры, строго следуя ее топологии. Многочисленные примеры выделения гаплотипов-основателей приведены в [Balanovsky et al., 2011] и в разделе 4.3.

 

ОГОВОРКА 3: ПОСТОЯНСТВО СКОРОСТИ.

Метод молекулярных часов основывается на том, что скорость возникновения мутаций постоянна и не меняется ни во времени, ни в пространстве. То есть что вероятность возникновения мутации в данном гаплотипе одинакова, независимо от того, принадлежит ли этот гаплотип палеолитическому сибиряку или современному негру. В отличие от других сделанных оговорок, эта не создает реальных затруднений. Ведь действительно нет оснований полагать, что скорость унаследованных мутаций меняется во времени или пространстве. Даже такие события, как ядерные взрывы в Хиросиме или Челябинске-40, судя по большинству исследований, не увеличили частоту мутаций, унаследованных следующими поколениями (всплеск соматических мутаций у самих облученных людей, естественно, к этому вопросу не относится). А для остальной истории человечества нет оснований предполагать условий, стимулирующих или замедляющих мутации в мере, хотя бы приближающейся к этим двум печальным примерам.

Другое дело, что скорость мутаций теоретически может несколько различаться в зависимости от генетического окружения на хромосоме, и в некоторых исследованиях были найдены указания на несколько различающиеся скорости мутирования для разных гаплогрупп мтДНК и Y-хромосомы. Достоверно показано и то, что частота мутаций на Y-хромосоме увеличивается с возрастом отца. Поэтому в принципе возможно, что в популяциях с различной длиной мужских поколений скорость накопления мутаций будет несколько различаться. Однако на обычно исследуемых промежутках времени длина поколений относительно постоянна для всего человечества. Итак, на практике всеми этими сомнениями в универсальности скорости мутаций можно пренебрегать – особенно по сравнению с проблемой привязывания данных по датировке кластеров (гаплогрупп) к событиям истории популяций.

 

ОГОВОРКА 4: ВОЗРАСТ КЛАСТЕРА И ВОЗРАСТ ПОПУЛЯЦИИ.

Автор этих строк никогда не сможет забыть слышанный им на заре использования мтДНК научный доклад, в котором возраст гаплотипов, встреченных у славян, был определен в 20 тысяч лет, и тут же был сделан вывод, что славянская популяция 20 тысяч лет назад и сформировалась. Даже сделанное докладчику указание на наличие километровой толщи льда двадцать тысяч лет назад (эта дата попадает на период последнего оледенения) в месте, где была собрана выборка и где поэтому предполагалось возникновение славян, не поколебало его уверенности. Ведь вывод был сделан на основе данных генетики, которая имеет репутацию почти что точной науки.

Возможность допустить ту же ошибку, пусть не в таких масштабах, дамокловым мечом постоянно нависает над очень многими и любителями, и даже профессионалами, не исключая, возможно, и самого автора. Уж очень велик соблазн связать историю гаплогруппы, встреченной в популяции, с историей самой этой популяции. И несомненно, что демографическая история популяции действительно влияет на историю содержащихся в ней гаплогрупп. Вот только эти две истории редко когда могут быть приравнены друг к другу.

В случае с подледным возникновением славян ошибка очевидна: генетическое разнообразие, пусть даже действительно двадцатитысячелетнего возраста, хотя и было обнаружено у славян, начало накапливаться еще у их далекой предковой популяции. И если в какой-то популяции обнаружена некая величина генетического разнообразия в пределах некой гаплогруппы, то часть этого разнообразия, действительно, накоплена популяцией за время ее истории, но другая часть разнообразия была у популяции «еще на старте» весьма отдаленном. И даже если какая-то гаплогруппа встречается только в одной популяции, и возникновение гаплогруппы хорошо датировано, и популяция имеет логически обоснованное «начало» (допустим, миграция на остров), то возраст популяции вовсе не обязательно совпадает с возрастом гаплогруппы. Ведь гаплогруппа могла возникнуть задолго до формирования популяции, но не сохраниться в других местах, а сохраниться лишь в популяции, мигрировавшей на остров, и тогда гаплогруппа будет старше популяции. Но могла она возникнуть и после формирования популяции на каком-то этапе ее истории, и тогда гаплогруппа будет моложе популяции. Второй вариант иллюстрируется, например, тем же исследованием генофонда Кавказа (раздел 4.3), которое не раз уже приводилось в качестве примера. В нем для многих популяций были обнаружены специфичные для них кластеры гаплотипов. Раз эти кластеры встречаются в одной популяции, но отсутствуют в других, то датировки кластеров указывают на время отделения этот популяции от родственных ей групп. Но это время является нижней (наименьшей, более близкой к современности, более поздней) оценкой времени выделения популяции из родительской прапопуляции, поскольку кластер мог возникнуть как сразу после разделения популяций, так и в любой момент времени после этого события.

 

ОГОВОРКА 5: РАЗНЫЕ СКОРОСТИ ДЛЯ РАЗНЫХ МАРКЕРОВ.

При рассмотрении скоростей мутирования упоминалось, что они относятся к «среднестатистическому» маркеру. Но частота мутирования, например, разных STR-маркеров отличается на один-два порядка. К счастью, частота мутирований конкретного локуса обычно не важна, поскольку всегда анализируются их наборы. Поэтому нужно знать скорость мутирования именно набора локусов (то есть вероятность того, что смутирует какой-то любой – не важно, какой именно – локус из набора). Конечно, скорости мутирования разных наборов могут различаться, если в один набор включены быстромутирующие, а в другой – медленно мутирующие маркеры. Но поскольку используемые в анализе гаплогрупп наборы состоят из нескольких десятков локусов (от 17 до 111), и они, за редким исключением, не подбирались специально по скорости мутирования, то случайное включение быстрых и медленных маркеров взаимно компенсируется, и скорости мутирования лишь разных наборов мало отличаются друг от друга. В целом, хотя эту особенность и стоит иметь в виду, она имеет меньшее значение, чем другие источники погрешностей.

 

ОГОВОРКА 6: ИСКЛЮЧЕНИЕ ИЗ РАСЧЕТОВ ОТДЕЛЬНЫХ STR ЛОКУСОВ.

Поскольку дуплицированные маркеры DYS385a и DYS385b типируются на одной паре праймеров, и поэтому нельзя установить, какой из аллелей относится к какому из двух локусов, эти локусы принято исключать из анализа при построении филогенетических сетей. Соответственно, эти маркеры были исключены и из расчетов с использованием показателя ρ, а также при анализе методом BATWING. Что касается расчетов показателя ASD, то они проводились в двух вариантах: с включением и с исключением DYS385a и DYS385b.

 

 


Комментариев: 3 (смотреть все) (перейти к последнему комментарию)

  • Из статей, описывающих метод датировки по полным сиквенсам Y-хромосомы, могу упомянуть еще [Adamov et al., 2015]https://www.researchgate.net/publication/273773255_Defining_a_New_Rate_Constant_for_Y-Chromosome_SNPs_based_on_Full_Sequencing_Data
     
     

  • Если я не ошибаюсь — ДНК-генеалогия является подразделом популяционной генетики и таким образом — о какой же «лженауке» может идти речь?
    Во-вторых, в данной статье совершенно не принято во внимание гибридное построение дерева гаплогрупп на основании не только гаплотипов, но и на основании терминирующих снипов.
    В-третьих, почему в этой и других статьях не приводятся ссылки на научные труды других лиц???

    • 1) Ошибаетесь. ДНК-генеалогия (в исполнении г-на Клесова со товарищи) имеет такое же отношение к популяционной генетике, как астрология к астрономии. Об этом даже на нашем сайте десятки материалов. Поиск Вам в помощь.
      2) Это не статья, а один из маленьких разделов большой монографии. См. другие ее разделы. И древо гаплогрупп в популяционной генетике никогда не строится по данным о гаплотипах.
      3) Аналогично. Монография — это иной жанр, чем статья. Книжка уже должна быть в сети. Там Вы найдете лавину ссылок.

Добавить комментарий

Избранное

Продолжаем ответ на "этнический портрет среднестатистического россиянина" от компании "Генотек" . Часть третья, от специалиста по генетической генеалогии и блогера Сергея Козлова.

Продолжаем публиковать ответ на "этнический портрет среднестатистического россиянина" от компании "Генотек" . Часть вторая, от генетика, д. б. н., профессора Е.В.Балановской.

Публикуем наш ответ на опубликованный в массовой печати "этнический портрет среднестатистического россиянина" от компании "Генотек" . Часть первая.

Размещаем на сайте препринт статьи, предназначенной для Acta Archaeologica (Kopenhagen), для тома, посвященного памяти выдающегося датского археолога Клауса Рандсборга (1944 – 2016), где она будет опубликована на английском языке.

Известнейший российский археолог Лев Клейн написал две новые книги. Как не потерять вдохновение в работе над книгой? Когда случилось ограбление века? И что читать, если хочешь разбираться в археологии? Лев Самуилович отвечает на вопросы корреспондента АНТРОПОГЕНЕЗ.РУ

Публикуем комментарий проф. Л.С.Клейна на докторскую диссертацию И.П. Лобанковой «Пассионарность в динамике культуры: Философско-методологическая реконструкция культуры протогорода Аркаим».

Российские генетики исследовали генофонд народов Передней Азии и нашли интересную закономерность: наиболее генетически контрастны народы, живущие в горах и на равнине. Оказалось, что большинство армянских диаспор сохраняет генофонд исходной популяции на Армянском нагорье. По данным полного секвенирования 11 Y-хромосом авторы построили филогенетическое дерево гаплогруппы R1b и обнаружили на этом дереве помимо известной западноевропейской новую восточноевропейскую ветвь. Именно на ней разместились варианты Y-хромосом степных кочевников ямной культуры бронзового века. А значит, не они принести эту мужскую линию в Западную Европу.

В издательстве ЕВРАЗИЯ в Санкт-Петербурге вышла научно-популярная книга проф. Льва Самуиловича Клейна "Первый век: сокровища сарматских курганов". Она посвящена двум самым выдающимся памятникам сарматской эпохи нашей страны — Новочеркасскому кладу (курган Хохлач) и Садовому кургану.

Исследуя останки из захоронений степных кочевников железного века – скифов – методами краниометрии (измерение параметров черепов) и методами анализа древней ДНК, антропологи и генетики пришли к сопоставимым результатам. Те и другие специалисты обнаруживают близость кочевников культуры скифов к культурам кочевников бронзового века Восточной Европы. Антропологическими и генетическими методами у носителей скифской культуры выявляется также центральноазиатский (антропологи) либо восточноазиатско-сибирский (генетики) вклад. Что касается прародины скифов – европейские или азиатские степи – то по этому вопросу специалисты пока не пришли к единому мнению.

Представляем сводку археологических культур, представленных на страницах Словарика. Пока - список по алфавиту.

Публикуем статью Сергея Козлова с результатами анализа генофондов некоторых северных народов в свете данных из монографии В.В.Напольских "Очерки по этнической истории".

Анализ митохондриальной ДНК представителей трипольской культуры Украины показал ее генетическое происхождение по материнским линиям от неолитических земледельцев Анатолии с небольшой примесью охотников-собирателей верхнего палеолита. Популяция трипольской культуры из пещеры Вертеба генетически сходна с другими популяциями европейских земледельцев, но более всего – с популяциями культуры воронковидных кубков.

Анализ древней ДНК мезолита и неолита Балтики и Украины не выявил следов миграции земледельцев Анатолии, аналогичный найденным в неолите Центральной Европы. Авторы работы предполагают генетическую преемственность от мезолита к неолиту в обоих регионах. Они также нашли признаки внешнего влияния на генофонд позднего неолита, наиболее вероятно, это вклад миграции из причерноморских степей или из Северной Евразии. Определенно, неолит как в регионе Балтики, так и на Днепровских порогах (Украина) развивался иными темпами, чем в Центральной и Западной Европе, и не сопровождался такими масштабными генетическими изменениями.

Рассказ о генетико-антропологической экспедиции Медико-генетического научного центра и Института общей генетики РАН, проведенной в конце 2016 года в Тверскую область для исследования генофонда и создания антропологического портрета тверских карел и тверских русских.

Изучив митохондриальную ДНК из погребений энеолита и бронзового века в курганах Северного Причерноморья, генетики сделали вывод о генетической связи популяций степных культур с европейскими мезолитическими охотниками-собирателями.

9 января исполнился год со дня скоропостижной смерти смерти археолога и этнографа Владимира Александровича Кореняко, ведущего научного сотрудника Государственного музея искусства народов Востока, одного из авторов нашего сайта. С разрешения издательства перепечатываем его статью об этнонационализме, которая год назад была опубликована в журнале "Историческая экспертиза" (издательство "Нестор-история").

1 февраля на Биологическом факультете МГУ прошло Торжественное заседание, посвященное 125-летию со дня рождения Александра Сергеевича Серебровского, русского и советского генетика, члена-корр. АН СССР, академика ВАСХНИЛ, основателя кафедры генетики в Московском университете.

В совместной работе популяционных генетиков и генетических генеалогов удалось построить филогенетическое дерево гаплогруппы Q3, картографировать распределение ее ветвей, предположить место ее прародины и модель эволюции, начиная с верхнего палеолита. Авторы проследили путь ветвей гаплогруппы Q3 от Западной и Южной Азии до Европы и конкретно до популяции евреев ашкенази. Они считают, что этот удачный опыт послужит основой для дальнейшего сотрудничества академической и гражданской науки.

В конце ноября прошлого года в Москве прошла Всероссийская научная конференция «Пути эволюционной географии», посвященная памяти профессора Андрея Алексеевича Величко, создателя научной школы эволюционной географии и палеоклиматологии. Конференция носила междисциплинарный характер, многие доклады были посвящены исследованию географических факторов расселения человека по планете, его адаптации к различным природным условиям, влиянию этих условий на характер поселений и пути миграции древнего человека. Представляем краткий обзор некоторых из этих междисциплинарных докладов.

Публикуем статью Сергея Козлова о структуре генофонда Русского Севера, написанную по результатам анализа полногеномных аутосомных данных, собранных по научным и коммерческим выборкам.

Обзор истории заселения всего мира по данным последних исследований современной и древней ДНК от одного из самых известных коллективов палеогенетиков под руководством Эске Виллерслева. Представлена картина миграций в глобальном масштабе, пути освоения континентов и схемы генетических потоков между человеком современного типа и древними видами человека.

Изучение Y-хромосомных портретов крупнейшей родоплеменной группы казахов в сопоставлении с данными традиционной генеалогии позволяет выдвинуть гипотезу, что их генофонд восходит к наследию народов индоиранской языковой семьи с последующим генетическим вкладом тюркоязычных и монголоязычных народов. Вероятно, основным родоначальником большинства современных аргынов был золотоордынский эмир Караходжа (XIV в.) или его ближайшие предки.

Путем анализа Y-хромосомных и аутосомных данных современного населения Юго-Западной Азии генетики проследили пути, по которым шло заселение этой территории после окончания Последней ледниковой эпохи. Они выделили три климатических убежища (рефугиума), которые стали источником миграций в регионе, и определили время расхождения ветвей Y-хромосомы в популяциях. Полученные результаты авторы обсуждают в связи с археологическими данными и работами по древней ДНК.

Генетики секвенировали четыре генома Yersinia pestis эпохи бронзового века. Их сравнение с другими древними и современными геномами этой бактерии привело к гипотезе, что чума в Европе появилась со степной миграцией ямной культуры, а затем вернулась обратно в Центральную Азию.

Исследование показало, что подавляющее большинство американских антропологов не считают расы биологической реальностью, не видят в расовой классификации генетической основы и не считают, что расу нужно учитывать при диагностике и лечении заболеваний. Сравнение показало, что антропологов, не признающих расы, в 2013 году стало радикально больше, чем 40 лет назад. Cтатья с результатами этого исследования опубликована в American Journal of Physical Anthropology.

Отзыв проф. Л.С.Клейна о книге Д.В.Панченко «Гомер, „Илиада”, Троя», вышедшей в издательстве «Европейский Дом».

В конце уходящего 2016 года попробуем подвести его итоги – вспомнить самые интересные достижения на перекрестке наук, изучающих историю народонаселения – археологии, антропологии, генетики, палеогеографии, лингвистики и др. Конечно, наш взгляд субъективен, поскольку мы смотрим через окно сайта «Генофонд.рф», ориентируясь на опубликованные на нем материалы. По той же причине в научных итогах мы вынужденно делаем крен в генетику. Будем рады если эта картина станет полнее с помощью комментариев от наших читателей.

Коллектив генетиков и историков изучил генофонды пяти родовых объединений (кланов) северо-восточных башкир. Преобладание в их Y-хромосомных «генетических портретах» одного варианта гаплогрупп указывает на единый генетический источник их происхождения – генофонд прото-клана. Выдвинута гипотеза, что формирование генофонда северо-восточных башкир связано с трансуральским путем миграций из Западной Сибири в Приуралье, хорошо известном кочевникам в эпоху раннего железного века и средневековья.

Перепечатываем статью О.П.Балановского, опубликованную татарским интернет-изданием "Бизнес-онлайн" - ответ критикам исследования генофондов татар.

Изучение Y-хромосомных генофондов сибирских татар выявило генетическое своеобразие каждого из пяти субэтносов. По степени различий между пятью популяциями сибирские татары лидируют среди изученных коллективом народов Сибири и Центральной Азии. Результаты позволяют говорить о разных путях происхождения генофондов сибирских татар (по данным об отцовских линиях): в каждом субэтносе проявляется свой субстрат (вклад древнего населения) и свой суперстрат (влияние последующих миграций).

Дискуссия, вызванная статьей о генофонде татар в "Вестнике МГУ", вылилась на страницы интернет-издания "Бизнес-онлайн". Публикуем письмо, отправленное д.б.н., профессором РАН О.П. Балановским 17 декабря 2016 года одному из участников этой дискуссии, д.и.н., специалисту по этногенезу татарского народа И.Л.Измайлову. Письмо, к сожалению, осталось без ответа.

Исследование Y-хромосомы туркменской популяции в Каракалпакстане (на территории Узбекистана) выявило сильное доминирование гаплогруппыQ, что, вероятно, объясняется их преобладающей принадлежностью к одному роду (йомуд). По генетическим расстояниям туркмены Каракалпакстана оказались близки к географически далеким от них туркменам Ирана и Афганистана и далеки от своих географических соседей – узбеков и каракалпаков.

Генофонды популяций с этнонимом «татары» трех регионов Евразии - крымские, поволжские и сибирские – исследованы путем анализа Y-хромосомы. Этнотерриториальные группы татар оказались генетически очень разнообразны. В генофонде поволжских татар преобладают генетические варианты, характерные для Приуралья и Северной Европы; в генофонде крымских татар преобладает вклад переднеазиатского и средиземноморского населения; популяции сибирских татар наиболее разнообразны: одни включают значительный сибирский генетический компонент, в других преобладают генетические линии из юго-западных регионов Евразии.

Популяционно-генетическую историю друзов британский генетик Эран Элхаик исследует методом GPS (geographic population structure). Критика специалистов в адрес предыдущих работ с использованием данного метода, вызывает вопросы и к данной работе.

Опубликовано на сайте Антропогенез.ру

В пределах 265 языковых семей исследователи показали корреляцию между лексикой разных языков и географическим положением. На примере 11 популяций из Африки, Азии и Австралии выявили корреляцию лексических расстояний между популяциями с фенотипическими расстояниями, самую высокую – по строению лицевой части черепа. Делается вывод о том, что лингвистические показатели можно использовать для реконструкции недавней истории популяций, но не глубокой истории.

Представляяем обзор некоторых докладов на прошедшей в Москве конференции «Эволюционный континуум рода Homo», посвященной 125-летию со дня рождения выдающегося русского антрополога Виктора Валериановича Бунака (1891–1979), иными словами, на Бунаковских чтениях.

Из-за чего случился бронзовый коллапс, как исчезла знаменитая майкопская культура, в чём заблуждаются сторонники «новой хронологии» и какие байки живут среди археологов, порталу АНТРОПОГЕНЕЗ.РУ рассказал Александр Скаков - кандидат исторических наук, научный сотрудник Отдела бронзового века Института археологии РАН.

В Москве завершила свою работу международная антропологическая конференция, посвященная 125-летию выдающегося русского антрополога Виктора Валериановича Бунака. Приводим краткий обзор ее итогов, опубликованный на сайте Центра палеоэтнологических исследований.

К сожалению, эхо от казанского интервью академика Валерия Александровича Тишкова (директора Института этнологии и антропологии РАН) не затихло, а рождает все новые недоразумения, которые отчасти уже объяснены на нашем сайте. Чтобы приостановить снежный ком, нам все же придется дать разъяснения неточностей, его породивших.

Специалист по этногенезу тюркских народов Жаксылык Сабитов комментирует миф о финно-угорском происхождении татар, который без всяких на то оснований приписывается генетикам.

О.П.Балановский о том, как проходило обсуждение доклада А.В.Дыбо «Происхождение и родственные связи языков народов России» на Президиуме РАН.

Публикуем изложение доклада чл-корр. РАН Анны Владимировны Дыбо (Институт языкознания РАН), размещенное на сайте РАН.

Полное секвенирование геномов 83 австралийских аборигенов и 25 жителей Папуа Новая Гвинея позволило исследователям реконструировать историю заселения этой части света в пространстве и во времени. Они подтвердили, что предки австралийских аборигенов и папуасов Новой Гвинеи очень рано отделились от предков материковой Евразии. На ключевой вопрос о том, сколько раз человечество выходило из Африки – один или два, авторы отвечают с осторожностью. Большая часть их аргументов склоняет чашу весов к модели одного выхода, однако тот вариант, что их могло быть два, исследователи не отвергают.

Прочитав с высокой степенью надежности 379 геномов из 125 популяций со всего мира, исследователи уточнили картину современного генетического разнообразия и пути древних миграций, которые к нему привели. В частности, в геномах папуасов Новой Гвинеи они нашли небольшой вклад ранней миграционной волны из Африки, которая не оставила следов в геномах материковой Евразии.

Полное секвенирование 300 геномов из 142 популяций со всего мира дало возможность исследователям добавить важные фрагменты в мозаику геномного разнообразия населения планеты. Они пересчитали вклад неандертальцев и денисовцев в современный геном в глобальном масштабе, вычислили, как давно разошлись между собой разные народы, оценили степень гетерозиготности в разных регионах. Наконец, авторы уточнили источник генофонда жителей Австралии и Новой Гвинеи, показав, что они происходят от тех же популяций, что и жители остальной Евразии.

Приводим экспертное мнение Жаксылыка Сабитова (Евразийский Национальный Университет, Астана), специалиста по истории Золотой орды и этногенезу тюркских народов, по недавно опубликованной в журнале PLоS ONE статье .

Коллектив генетиков и биоинформатиков опубликовал обзор истории изучения древней ДНК, основных трудностей в ее изучении и методов их преодоления. Авторы представили новейшие знания о путях миграций и распространения населения, полученные путем анализа древних геномов, и показали, какую революционную роль анализ палеоДНК сыграл в популяционной и эволюционной генетике, археологии, палеоэпидемиологии и многих других науках.

Проект по секвенированию более 60 тысяч экзомов (часть генома, кодирующая белки) в популяциях на разных континентах выявил гены, устойчивые к мутированию, показал, сколько носимых нами мутаций полностью блокируют синтез белка, а также значительно приблизил специалистов к пониманию природы редких заболеваний.

Российские генетики определили полную последовательность шести митохондриальных геномов древних людей, обитавших на территории Северного Кавказа на рубеже неолита и бронзы.

Сравнив фенотипические расстояния между 10 популяциями по показателям формы черепа и генетические расстояния по 3 345 SNP, исследователи нашли корреляции между ними. Они утверждают, что форма черепа в целом и форма височных костей может быть использована для реконструкции истории человеческих популяций.

Изучен генофонд популяции польско-литовских татар (липок), проживающих в Белоруссии. В их генофонде примерно две трети составляет западноевразийский компонент и одну треть – восточноевразийский. Очевидно, последний отражает влияние дальних миграций – степных кочевников Золотой Орды, поселившихся в Центральной и Восточной Европе.

Лингвисты из Кембриджского и Оксфордского университетов, разработали технологию, которая, как они утверждают, позволяет реконструировать звуки праиндоевропейского языка. Сообщение об этом опубликовано на сайте Кембриджского университета http://www.cam.ac.uk/research/features/time-travelling-to-the-mother-tongue.

Перепечатываем статью Павла Флегонтова и Алексея Касьяна, опубликованную в газете "Троицкий вариант", с опровержением гипотезы английского генетика Эрана Элхаика о хазарском происхождении евреев ашкеназов и славянской природе языка идиш. Эта популярная статья вышла параллельно с научной статьей с участием этих же авторов в журнале Genome Biology and Evolution.

15 июля в Еженедельной газете научного сообщества "Поиск" опубликовано интервью с О.П. Балановским. Подробности по ссылке:

Турсервис Momondo сделал генетические тесты и записал реакцию на их результаты. Видео получилось простым и понятным. А что думает об этом популяционная генетика?

В только что опубликованной статье была подробно изучена история распространения одной из самых широко встречающихся в Евразии Y-хромосомных гаплогрупп – N. По данным полного секвенирования Y-хромосомы было построено филогенетическое дерево и описано подразделение гаплогруппы на ветви и субветви. Оказалось, что большинство из них имеют точную географическую но не лингвистическую привязку (встречаются в популяциях различных языковых семей).

Новое исследование генетических корней евреев ашкеназов подтвердило смешанное европейско-ближневосточное происхождение популяции. В составе европейского предкового компонента наиболее существенный генетический поток ашкеназы получили из Южной Европы.

Опубликована единственная на настоящий момент работа, посвященная исследованию генофонда верхнедонских казаков. Для изучения генофонда казаков использован новый инструмент - программа Haplomatch, позволяющая производить сравнение целых массивов гаплотипов. Удалось проследить, что формирование генофонда казаков верхнего Дона шло преимущественно за счет мигрантов из восточно-славянских популяций (в частности с южно-, центрально - русских и украинцев). Также обнаружено небольшое генетическое влияние ногайцев, вероятно вызванное их вхождением в Войско Донское в составе «татарской прослойки». Сходства с народами Кавказа у донских казаков не обнаружено.


Публикуем перевод статьи Душана Борича и Эмануэлы Кристиани, в которой рассматриваются социальные связи между группами собирателей палеолита и мезолита в Южной Европе (на Балканах и в Италии). Социальные связи прослеживаются в том числе путем исследования и сопоставления технологий изготовления орудий и украшений.

Используя традиционные подходы и свой собственный новый метод, специалисты изучили происхождение коренных народов Сибири. Для популяций Южной Сибири, они реконструировали последовательность генетических потоков, которые смешивались в генофонде.

Анализ древней ДНК с Ближнего Востока показал, что большой вклад в генофонд первых ближневосточных земледельцев внесла древняя линия базальных евразийцев; что в пределах Ближнего Востока популяции земледельцев генетически различались по регионам, и между охотниками-собирателями и первыми земледельцами в каждом регионе имелась генетическая преемственность.

Представляем обобщающую статью по культурам верхнего палеолита, которая может служить пояснением для соответствующих статей в Словарике, посвященных отдельным культурам верхнего палеолита.

Форум «Ученые против мифов», организованный порталом «Антропогенез.ру», прошел в Москве 5 июня. Организаторы обещают скоро выложить записи докладов. Пока же представляем основные тезисы, прозвучавшие в выступлениях участников форума.

Анализ древней и современной ДНК собак, включая полностью секвенированный древний геном неолитической собаки из Ирландии и 605 современных геномов, привел исследователей к гипотезе, что человек независимо одомашнил волка в Восточной Азии и в Европе. Затем палеолитическая европейская популяция собак была частично замещена восточноазиатскими собаками.

Митохондриальная ДНК человека возрастом 35 тыс. лет назад из пещеры в Румынии оказалась принадлежащей к африканской гаплогруппе U6. Из этого исследователи сделали вывод о евразийском происхождении этой гаплогруппы и о том, что она была принесена в Северную Африку путем верхнепалеолитической обратной миграции.

Археологи провели исследование загадочных конструкций в форме кольца из обломков сталагмитов в пещере Брюникель на юго-западе Франции. Особенности конструкций, следы огня на них и соседство с костями говори т об их рукотворном происхождении. Датировка - 176.5 тысяч лет назад – указала на ранних неандертальцев.

Cпециалисты нашли шесть генов, вариации в которых влияют на черты лица человека. Все они экспрессируются при эмбриональной закладке лицевой части черепа, влияя на дифференцировку клеток костной и хрящевой ткани. Больше всего генетические вариации связаны с параметрами носа.

С разрешения автора перепечатываем статью доктора истор. наук Виктора Александровича Шнирельмана "Междисциплинарный подход и этногенез", опубликованную в сборнике "Феномен междисциплинарности в отечественной этнологи" под ред Г. А. Комаровой, М.: ИЭА РАН, 2016. С. 258-284.

Исследование показало, что популяция Бене-Исраэль, живущая в Индии, имеет смешанное еврейско-индийское происхождение. Причем вклад евреев передался в основном по мужским линиям наследования (по Y-хромосоме), а вклад индийцев – по женским (по мтДНК). Время же возникновения популяции оказалось не столь давним, как в легендах.

Пещера Шове известна во всем мире наскальными рисунками эпохи палеолита. Древние художники использовали ее для своего творчества в два этапа с перерывом. Причем один из этих этапов перекрывался по времени с периодом обитания здесь пещерных медведей. Авторы нового исследования реконструировали историю обитания пещеры, используя многочисленные датировки и моделирование.

История генофонда Европы до неолитизации очень мало изучена. Новое исследование под руководством трех лидеров в области древней ДНК приоткрывает дверь в события более далекого прошлого. Авторы проанализировали 51 образец древней ДНК и частично реконструировали картину движения популяций до и после Последнего ледникового максимума. Они попытались связать обнаруженные ими генетические кластеры, объединяющие древних индивидов в пространстве и во времени, с определенными археологическими культурами.

Новый метод молекулярно-генетической датировки, предложенный в статье команды Дэвида Райха, основан на сравнении древних и современных геномов по длине неандертальских фрагментов ДНК. В отличие от радиоуглеродной датировки, этот метод точнее работает на более старых образцах. С его помощью авторы также вычислили длину поколения (26-30 лет), предположив, что она существенно не менялась за 45 тысячелетий.

По рекордному на сегодняшний день количеству полностью секвенированных Y-хромосом (1244 из базы проекта «1000 геномов») исследователи построили новое разветвленное Y-хромосомное дерево и попытались связать экспансию отдельных гаплогрупп с историческими сведениями и археологическими данными.

Палитра геномных исследований в России разнообразна. Создаются генетические биобанки, исследуется генетическое разнообразие популяций, в том числе генетические варианты, связанные с заболеваниями в разных популяциях; российские специалисты вовлечены в полногеномные исследования, и на карте мира постепенно появляются секвенированные геномы из России.

Исследователи секвенировали геномы из Меланезии и нашли у них наибольшую долю включений ДНК древних видов человека, причем как неандертальского, так и денисовского происхождения. Новые данные позволили нарисовать уточненную картину генетических потоков между разными видами Homo.

С разрешения автора публикуем тезисы его доклада на предстоящей конференции в Томске.

Представляем перевод статьи североирландского и американского археолога, специалиста по индоеропейской проблематике, профессора Джеймса Патрика Мэллори. Эта статья представляет собою обобщающий комментарий к некоторым докладам на семинаре «Прародина индоевропейцев и миграции: лингвистика, археология и ДНК» (Москва, 12 сентября 2012 года).

Исследователи из Стэнфордского университета, проанализировав Y-хромосому неандертальцев, убедились в том, что в Y-хромосоме современного человека нет неандертальских фрагментов ДНК, в отличие от остальной части генома. Этому факту они постарались дать объяснение. Скорее всего, дело в антигенах гистосовместимости, которые препятствовали рождению мальчиков с неандертальскими генами в Y-хромосоме.

Исследовав 92 образца древней мтДНК коренных американцев, генетики реконструировали основные этапы заселения Америки, уточнив пути основных миграций и их время. Они также пришли к выводу о драматическом влиянии европейской колонизации на генетическое разнообразие коренного населения Америки.

Публикуем перевод критической статьи известного болгарского археолога Лолиты Николовой. Ее критика направлена на авторов одной из самой яркой статьи прошлого года «Massive migration from the steppes was a source for Indo-European Languages in Europe» (Haak et al., 2015), в которой авторы представляют свою гипотезу распространения индоевропейских языков в Европе.

Публикуем статью украинского археолога, доктора ист. наук, проф. Леонида Львовича Зализняка, специально переведенную им на русский язык для нашего сайта. Статья представляет собой критический анализ взглядов на происхождение индоевропейцев с позиций археологии и других наук.

Перепечатываем статью швейцарского лингвиста Патрика Серио, перевод которой был опубликован в журнале «Политическая лингвистика». В статье анализируется явление «Новой парадигмы» в области лингвистики в странах Восточной Европы. С точки зрения автора, это явление подходит под определение ресентимента.

Человек (Homo sapiens) – единственное в природе существо, которое может переносить из сознания на внешние носители фигуративные образы. В эволюции нет ничего, что бы предшествовало этой способности. Таким же уникальным свойством является способность к членораздельной речи, к языку. Звуковые сигналы в мире других живых существ заданы генетически. Возникает предположение, что эти две способности связаны между собой больше, чем нам кажется.

Генетический анализ популяции кетов – коренного народа Сибири, в сравнении с окружающим народами в бассейне Енисея выявил их наиболее тесную связь с карасукской культурой бронзового века Южной Сибири - именно в этом регионе находится гипотетическая прародина енисейской семьи языков. Более глубокие корни кетов уходят к ветви древних северных евразийцев. По опубликованным ранее и по новым данным, 5000-6000 лет назад генетический поток протянулся от сибирских популяций до культуры саккак (палеоэскимосов американской Арктики), и от саккак к носителям языков на-дене. Примечательно, что данная миграция согласуется с гипотезой о родстве енисейских языков и языков на-дене.

История взаимоотношений человека современного вида и неандертальцев оказалась непростой и долгой. Не только неандертальцы оставили след в нашем геноме. Обнаружен генетический поток и от Homo sapiens к предкам алтайских неандертальцев. Он указывает на раннюю - около 100 тысяч лет назад - метисацию, что происходила еще до основной волны выхода наших предков из Африки.

Статья является реакцией на публикацию коллектива американских авторов, отрицающих существование рас у человека и, более того, призывающих отменить и запретить использование самого термина «раса». Авторы обнаруживают полное незнание предмета обсуждения и научной литературы по проблеме расы. «Антирасовая кампания», уже давно развязанная в США и перекинувщаяся в научные центры Западной Европы, отнюдь не служит делу борьбы с расизмом, а наоборот, способствует появлению разного рода действительно расистских публикации, в том числе, в самих США. А методы проведения этой кампании напоминают времена лысенковщины в СССР.

Публикуем статью генетика д.б.н. Е.В. Балановской (вернее, раздел в сборнике «Проблема расы в российской физической антропологии» [М., Институт этнологии и антропологии РАН, 2002]). Сегодня эта статья, к сожалению, не менее актуальна, чем пятнадцать лет назад: недавно Science опубликовал статью с предложением отказаться от понятия «раса» в генетических исследованиях. И это при том, что именно генетические исследования доказывают реальность существования рас.

Авторы статьи в Science утверждают, что в современной генетике понятие «раса» - бесполезный инструмент при характеристике генетического разнообразия человечества. Учитывая проблемы, связанные с неправильным употреблением термина, они предлагают вообще от него отказаться. Правда, рассуждения авторов касаются только генетики, они не рассматривают понятие "раса" в рамках антропологии.

Генетики исследовали популяцию уйгуров, по одной из версий являющихся генетическими потомками тохаров. Через ареал уйгуров проходил Великий Шелковый путь, соединявший Восточную Азию с Центральной Азией и Европой. Результаты, полученные по STR маркерам Y-хромосомы, подтверждают гипотезу, что в формировании современного генофонда уйгуров сыграли почти равную роль как европейские так и восточноазиатские популяции, но все же с преобладанием вклада генофондов Западной Евразии.

Секвенирование 55 древних митохондриальных геномов (возраст – от 35 до 7 тысяч лет), выявило в них варианты, которые не встречены в современном населении Европы. Описав демографические изменения в их связи с изменениями климата, коллектив Йоханеса Краузе (Йена) пришел к выводу, что около 14,5 тысяч лет назад в Европе радикально изменился генофонд охотников-собирателей.

Евразийский вклад в генофонд африканских популяций существует, но не столь велик – он обнаруживается не на всем континенте, а в основном в Восточной Африке. Важно, что ошибка признана авторами статьи публично и бесконфликтно - это – признак «здоровья» генетического консорциума.

Публикуем статью проф. Л.С.Клейна (вышедшую в журнале "Археологические Вести", 21, 2015) о том, как д.х.н. А.А.Клесов, занявшись темой происхождения славян, связывает ее с вопросом о «норманнской теории», хотя это совсем другая тема - происхождения государственности у восточных славян.

Путем секвенирования геномов из семи популяций исследователи подтвердили картину расселения человека по континентам после выхода из Африки. Серия миграций сопровождалась снижением генетического разнообразия. По этой же причине с увеличением расстояния от Африки возрастает мутационный груз в популяциях.

Две статьи с данными по секвенированным древним геномам дополнили представления о том, какую роль играли исторические миграции – римского времени и англосаксонская – в формировании современного генофонда Великобритании. Так, уточненный генетический вклад англосаксонских переселенцев составляет около 40% в восточной Англии и 30% - в Уэльсе и Шотландии.

Четыре секвенированных генома древних жителей Ирландии (один эпохи неолита, три – бронзового века) указывают, что генофонд Британских островов, как и остальной Европы, сформировался при смешении западно-европейских охотников-собирателей с неолитическими земледельцами, прибывшими с Ближнего Востока, и с более поздней миграцией, берущей начало из степей Евразии.

11-13 октября в Йене, Германия в Институте наук об истории человека общества Макса Планка (Max Planck Institute for the Science of Human History) прошла первая междисциплинарная конференция, посвященная недавним генетическим открытиям о миграциях индоевропейцев. Генетики, археологи и лингвисты собрались вместе, чтобы обсудить, как полученные ими последние данные интегрируются в индоевропейскую проблему. Приводим обзор основных идей участников конференции, которые они изложили в своих выступлениях.

Публикуем рецензию д.и.н. профессора Ф.Х. Гутнова на брошюру г-на Тахира Моллаева (работника Национального парка «Приэльбрусье», бывшего заочника-филолога КБГУ), «Новый взгляд на историю осетинского народа». Редакция особо отмечает, что пантюркистская тенденция никогда в нашей науке не имела ни авторитета, ни поддержки..

Якутские лошади – самые северные на планете и самые морозоустойчивые. Прочитав два древних и девять современных геномов и использовав базу данных по другим геномам, команда российских и зарубежных исследователей нашла ответы на два вопроса. Первый вопрос - от каких древних популяций произошли современные якутские лошади. А второй – как им удалось приспособиться к экстремальным условиям якутского климата за такое короткое время.

Почти рождественская история с пропавшим листком, поиском автора и ответами проф. Л.С.Клейна на вопросы антинорманиста.

Провожая уходящий год, мы решили подвести итоги и выделить наиболее интересные, на наш взгляд, междисциплинарные исследования в области истории популяций, формирования генетического ландшафта мира и этногенеза, которые были опубликованы в 2015 году. Почти все они нашли свое отражение в материалах нашего сайта. Основные открытия года можно сгруппировать в несколько блоков.

Генетики исследовали варианты Y-хромосомы у 657 австралийских аборигенов. Среди них оказалось 56% носителей пришлых евразийских гаплогрупп и только 44% носителей коренных гаплогрупп. Авторы подтвердили гипотезу раннего (около 50 тыс. лет назад) заселения Австралии и длительной изоляции Австралии и Новой Гвинеи. Не найдено доказательств миграций в Австралию из Индии в голоцене. А вот европейская колонизация в конце XVIII века драматически снизила разнообразие коренных австралийских гаплогрупп.

Продолжаем публиковать фрагмент из книги О.П.Балановского "Генофонд Европы", посвященный анализу полногеномных маркеров ДНК - самых современных и наиболее информативных для анализа генофонда. В этой части описан метод анализа предковых компонентов и его отображение на геногеографических картах народов Европы

Следующий фрагмент книги О.П.Балановского "Генофонд Европы" посвящен полногеномным и широкогеномным маркерам ДНК. Это самые современные и наиболее информативные методы анализа генофонда. В первой части главы показано, как выявляемая с их помощью генетическая карта Европы соотносится с географической картой.

Продолжаем публиковать фрагмент из книги О.П.Балановского «Генофонд Европы», посвященный митохондриальной ДНК. В нем разбирается географическая и лингвистическая структурированность генофонда Европы, а также гаплотипическое разнообразие по мтДНК и эколого-генетический мониторинг.

Доклад доктора биол. наук Л.А.Животовского об изданной им книге «Неизвестный Лысенко» собрал аншлаг в Институте океанологии РАН. Собственно, не сам доклад, а последующее за ним обсуждение этой попытки реабилитации самой одиозной фигуры советской биологии. Свое мнение высказали и специалисты ненавидимой им генетики, и те, для которых драматические события, связанные с «народным академиком» прошлись по судьбам их семей.

В публикуемом фрагменте из книги О.П.Балановского «Генофонд Европы» речь идет об одной из трех систем для оценки геномного разнообразия – митохондриальной ДНК (мтДНК). Дается обзор изменчивости генофонда Европы по мтДНК и рассматриваются генетические взаимоотношения популяций в этом зеркале.

В статье обсуждается этимология названия города Суздаль, а также предлагается и обосновывается гипотеза происхождения ойконима Суздаль от реконструируемого гидронима Суздаль (Суздаля).

В новой статье команды Сванте Паабо представлены антропологические и генетические данные по двум образцам – двум зубам из Денисовой пещеры. Поскольку генетически подтвердилась их принадлежность к денисовскому человеку, а не к неандертальцам, число проанализированных геномов денисовцев теперь увеличилось до трех.

В докладе доктора филолог. наук О.А.Мудрака «Язык и тексты восточно-европейской руники» была представлена расшифровка и перевод рунических надписей памятников, найденных на территории Восточной Европы – от Днепра и Кавказа до Поволжья. Прочтение этих надписей привело к неожиданным заключениям относительно языка бытового и официального письма живших на этой территории народов. Почти все они оказались написаны на осетинском языке и очень немногие - на чечено-ингушском.

Масштабный научный проект по изучению генофонда (экзомов) коренного населения народов Урало-Поволжья, в том числе генофонда татар, поддержал экс-президент Минтимер Шаймиев. Проект вызвал шумиху среди татарских националистов и тех, кто приписывает ученым националистически ориентированные цели.

Последняя часть главы по древней ДНК из книги О.П.Балановского "Генофонд Европы" посвящена Европе бронзового века. Анализируя палеоДНК, генетики подтверждают представления археологов, что бронзовый век был временем активных миграций и радикальных изменений образа жизни. Все большее количество древних геномов позволяет реконструировать направления миграций и связать генетические потоки с конкретными археологическими культурами.

Этот фрагмент из главы о древней ДНК книги О.П.Балановского "Генофонд Европы" рассказывает о том, как с помощью изучения палеоДНК можно реконструировать очень важные процессы неолитизации Европы. В том числе, выяснить, какие древние популяции внесли вклад в формирование генофонда европейцев.

В следующем разделе главы о древней ДНК из книги О.П.Балановского "Генофонд Европы" мы узнаем о генетических исследованиях находок времен верхнего палеолита и мезолита на территории Евразии.

Очередной фрагмент из книги О.П.Балановского "Генофонд Европы" посвящен анализу древней ДНК. Охарактеризованы проблемы и перспективы направления, сложности лабораторной работы и наиболее успешные исследовательские коллективы. Обзор конкретных исследований начинается со среднего палеолита - с результатов анализа ДНК неандертальцев и денисовцев.

Секвенировав три древних генома (верхний палеолит и мезолит) из Грузии и Швейцарии, генетики предполагают, что популяция кавказских охотников-собирателей могла быть четвертым источником европейского генофонда. А ее генетический вклад был передан в Европу, Южную и Центральную Азию через миграции степной ямной культуры.

Публикуем отрывок из готовящейся к изданию книги проф. Л.С. Клейна "Хохлач и Садовый". В этом фрагменте разбирается вопрос об этнической принадлежности тех, кто оставил донские курганы. Исследователи высказывают разные предположения о том, кому принадлежали курганы: сарматам, аланам или аорсам. Автор останавливается и на том, кто такие аланы и почему разные народы стремятся приписать себе происхождение от них.

В этом разделе из книги О.П.Балановского "Генофонд Европы" описывается структура генофонда Европы в зависимости от двух факторов - географического положения и лингвистики. Европейские популяции объединяются в кластеры как по географическому, так и по лингвистическому принципу. Анализ этой структурированности дается на двух уровнях: межэтническом и внутриэтническом.

Публикуем очередной фрагмент из книги О.П.Балановского "Генофонд Европы" (выйдет в декабре 2015 г.). В нем представлен обобщенный анализ генофонда Европы по всем гаплогруппам на трех уровнях: региональном, этническом и субэтническом.

Публикуем вторую часть беседы с генетиком, специалистом по древней ДНК Вольфгангом Хааком (Max Planck Institute for the Science of Human History) на конференции в Санкт-Петербурге. Во второй части В.Хаак рассказывает Надежде Маркиной о роли, которая играет исследование древней ДНК в реконструкции истории популяций, и о важности мультидисциплинарного подхода.

Публикуем первую часть беседы с генетиком, специалистом по древней ДНК Вольфгангом Хааком (Max Planck Institute for the Science of Human History), которая состоялась в Санкт-Петербурге. В первой части Л.С.Клейн и В. Хаак говорят о том, как по изучению древней ДНК специалисты предположили вклад древнего населения степей в европейский генофонд и с какими культурами они его связывают.

В бронзовом веке чума была вполне обычным явлением, хотя в то время чумная бацилла еще не научилась передаваться с блохами и не могла вызывать самую опасную разновидность болезни – бубонную чуму. Время возникновения Yersinia pestis и ее этапы на пути превращения в возбудителя смертельной болезни – все это ученые выяснили, прочитав геномы бактерий из древних останков человека.

Публикуем следующий фрагмент из книги О.П.Балановского "Генофонд Европы" . В нем представлены карты всех гаплогрупп Y-хромосомы, по которым есть надежные данные об их распространении в Европе. Этот фрагмент можно рассматривать как первую версию Атласа Y-хромосомы в Европе.

Публикуем статью С.В.Кончи, посвященную описанию снега и прочих зимних атрибутов в общеиндоевропейском лексическом фонде. Многие специалисты трактуют «зимнию» лексику как указание на расположение прародины индоевропейцев.

Вышел новый номер журнала Stratum plus, посвященный раннеславянской археологии Подунавья «Славяне на Дунае. Обретение Родины» . Его редакторы реализовали грандиозный замысел – собрали в номере почти всех наиболее крупных специалистов в этой области, выступивших с обзорными статьями.

Последняя серия карт генетических расстояний (из книги О. Балановского «Генофонд Европы») от народов, ничем друг на друга не похожих – ни языком, ни географией. Но зато эти три генофонда окаймляют пространство народов, рассмотренных в пяти предыдущих сериях, и позволяют увидеть, насколько велики различия генофондов европейской окраины Евразии. Эти три этноса – албанцы, шведы, ногайцы - не только географически «расставлены» по трем «концам земли», но и генетически полярно различны, показывая масштаб разнообразия генофонда Европы.

В пятой серии карт (из книги О. Балановского «Генофонд Европы») мы видим степень близости к каждой из популяций Европы южных славян - македонцев, сербов, хорватов, боснийцев и герцеговинцев. Географически их объединяет принадлежность к Балканам, а генетическое своеобразие связывается с сохранением субстратного генофонда тех балканских племен и народов, которые стали говорить на славянских языках.

Публикуем четвертую серию карт генетических расстояний на основе гаплогрупп Y-хромосомы из книги О.П. Балановского «Генофонд Европы». Эти карты отражают генетический ландшафт северной окраины Балкан, где проживают разноязыкие народы, говорящие на языках трех лингвистических семей.

Эта серия карт очередного фрагмента из книги О.П. Балановского «Генофонд Европы» описывает разнообразие Y-хромосомного генофонда Волжско-Уральского региона. Рассмотрена только полоса соседствующих популяций - Башкортостана, Татарстана, Чувашии и Мордовии. Но несмотря на их относительно небольшой суммарный ареал, генофонды оказались своеобразны и даже загадочны.

Следующий фрагмент из книги О.П. Балановского «Генофонд Европы» описывает своеобразие генофондов западных и восточных славян. Карты генетических расстояний обобщают разнообразие гаплогрупп Y-хромосомы и позволяют самим убедиться, насколько каждая точка в ареале Европы генетически близка к средним параметрам каждого из народов западных и восточных славян: их генофонды оказались настолько близки, что им хочется дать имя "генофонд северных славян".

Публикуем фрагмент из книги О.П. Балановского "Генофонд Европы" (выйдет в декабре 2015 г.). Карты генетических расстояний позволят своими глазами увидеть, насколько генофонд отдельного народа похож на все остальные генофонды Европы. Представлены карты первой из шести серий - "Народы Северо-Восточной Европы": от карел и вепсов, от эстонцев и коми, от литовцев и латышей, от северных русских и финнов.

Экспертное мнение проф. Л.С.Клейна на статью С.А.Григорьева "Еще раз о концепции Т.В.Гамкрелидзе и В.В.Иванова и о критических этюдах в индоевропеистике".

Представлены итоги проекта «1000 геномов». Секвенированы геномы и экзомы для 2504 индивидов из 26 популяций пяти регионов. Описано свыше 88 млн генетических вариаций. Создана модель реконструкции демографической истории популяций и найдены новые мишени естественного отбора.

Замечания проф. Л.С.Клейна, высказанные с позиций археолога, относительно изложения материала по древним геномам в новой статье команды Райха. С точки зрения эксперта в статье недостаточно внимания уделено принадлежности изучаемых образцов конкретным археологическим культурам.

В дополненной статье команды Дэвида Райха про исследование естественного отбора по древней ДНК более чем вдвое увеличилось число проанализированных древних геномов. В результате авторы пришли к новым выводам относительно генетического родства популяций, носителей основных археологических культур от раннего неолита до поздней бронзы.

Публикуем раздел книги О.П. Балановского "Генофонд Европы" (выйдет из печати в декабре 2015 г.), посвященный чрезвычайно важному в изучении истории народов вопросу - датировках миграций и других исторических событий. Автор описывает способы, которым решают его популяционные генетики, генетические генеалоги, а также останавливается на подходах "ДНК-генеалогии" А.А. Клесова, разъясняя их ошибочность и лженаучность.

В заметке описывается проект Лаборатории востоковедения и сравнительно-исторического языкознания Школы актуальных гуманитарных исследований РАНХиГС, связанный с формализацией генетической классификации языков.

Захоронение предполагаемых останков цесаревича Алексея и великой княжны Марии Романовых - детей императора Николая II, отложено на неопределенное время. Поэтому предлагаем вновь открыть страницы непростой истории генетической идентификации костных останков из двух захоронений близ Екатеринбурга – именно эти генетические исследования убедили ученых в их принадлежности членам царской семьи. Это отражено в заключении межведомственной правительственной комиссии, но уголовное дело вновь открыто: предстоит повторная экспертиза. В ее преддверии итоги уже пройденного пути подвел директор Института общей генетики РАН член-корреспондент РАН Н.К. Янковский.

В статье дается краткая характеристика текущего состояния и актуальных проблем т. н. "ностратической" гипотезы, разработанной в 1960-е гг. В. М. Иллич-Свитычем и А. Б. Долгопольским и предполагающей дальнее генетическое родство между собой ряда крупных языковых семей Старого Света (как минимум - индоевропейской, уральской, алтайской, картвельской и дравидийской).

Впервые генетики секвенировали хорошо сохранившуюся в пещере древнюю ДНК с территории Африки, получив первый эталонный африканский геном. Сравнение этого генома с современными указал на масштаб евразийской обратной миграции в Африку, вклад которой составляет 4-7% в современных африканских геномах на всем континенте.

В Америке вышла книга британского философа Стивена Лича «Российские перспективы теоретической археологии. Жизнь и труд Льва С. Клейна». Клейна считают самым известным из современных российских археологов на Западе, его больше других переводили, но на деле знают о нем и его идеях очень мало.

На рабочем совещании по проекту "Российские геномы" присутствовали организаторы проекта и лидеры всех основных популяционно-генетических коллективов России. Предлагаем Вашему вниманию доклад О.П. Балановского, представленный на этой конференции. В нем, в частности, говорится, что планируемый в проекте анализ триад (отец, мать, ребенок) сокращает объем полезной геномной информации на одну треть, и поэтому вместо 1000 российских геномов фактически будет изучено 666 геномов.

О.П. Балановский отвечает А.А. Клесову на его рецензию статьи о генофонде балтов и славян. Тезисы А.А. Клесова о «подгонке генетических данных под лингвистику» и об отсутствии новизны оказываются взятыми с потолка. Примечательно, что критик выдает за выводы статьи то, что выводами совсем не является, и в то же время не замечает настоящих выводов. Очевидно, поверхностное знакомство со статьей, которую он берется рецензировать, рассчитано на таких же поверхностных читателей.

Древняя ДНК с Иберийского полуострова, показала, что генетически баски оказались потомками ранних европейских земледельцев и отчасти - местных охотников-собирателей. Представление об их длительной генетической изоляции подтвердилось.

Впервые генетикам удалось изучить древнюю митохондриальную ДНК Балканского полуострова – с территории Румынии. Это навело их на мысль о второй волне неолитической миграции в Центральную Европу через Балканы. Именно она внесла вклад в генофонд современных европейцев.

Йоганнес Мюллер – археолог, профессор Кильского университета (Германия), известный специалист по неолиту Европы, мегалитам и радиоугеродным датировкам. Публикуем его статью о проблемах воссоздания общественных идентичностей в археологии и генетике в переводе проф. Л.С.Клейна.

Профессор Гётеборгского университета Кристиан Кристансен дал интервью соредактору нашего сайта профессору Л. С. Клейну, В беседе специалистов подвергаются обсуждению некоторые заключения авторов статьи, вызывающие споры у археологов.

Эта наиболее полная работа по генофонду славянских и балтских народов подводит итоги многолетних исследований. Генетики и лингвисты проследили пути формирования генофонда всех групп славян и балтов одновременно по трем генетическим системам. Прослежено, какие местные популяции впитывал генофонд славян при их расселении по Европе: именно этот глубинный субстрат сформировал основные различия генофондов разных ветвей славян.

(краткий вариант)
Опубликована наиболее полная на сегодняшний день работа по изучению генофонда славян и балтов, в которой использован синтез генетики и лингвистики. При распространении по Европе славяне смешивались с местными популяциями, которые составили глубинный субстрат генофондов, отличающий разные ветви славян друг от друга.

Перевод статьи Кристиана Кристиансена, профессора университета Гётеборга в Швеции, ведущего специалиста по археологии бронзового века. В статье рассматриваются модели распространения индоевропейских языков в контексте социальных изменений, подтвержденных новыми археологическими данными.

Существуют различные точки зрения на прародину сино-кавказской языковой макросемьи (и включенных в нее дене-кавказских языков). Автор, развивая предложенную им несколько лет назад гипотезу локализации прародины дене-кавказской языковой общности в Восточной Евразии, предпринимает попытку показать, что и данные геногеографии приводят нас к такому же выводу.

В постсоветскую эпоху специалисты встретились с явлением, которое получило название «альтернативной истории». Что это за явление, чем оно вызвано, какими идеями оно питается и чему служит? Как специалистам следует на него реагировать? Об этом рассуждает доктор исторических наук В.А.Шнирельман.

Две статьи, вышедшие почти одновременно в Nature и Science, посвящены генетической реконструкции заселения Америки методами анализа полных геномов. Их выводы схожи. В статье команды Давида Райха (Nature), помимо основной миграции из Сибири, давшей начало всем коренным популяциям Америки, обнаружен – пока загадочный - «австрало-меланезийский след» у некоторых популяций южноамериканских индейцев. В статье команды Эске Виллерслева (Science) обнаружен тот же след, хотя его источник мог включать, кроме Австрало-Меланезии, еще и Восточную Азию.

Исследователи математически доказывают связь между лингвистическим и генетическим разнообразием в популяциях Европы. По их мнению, для изученных народов язык точнее, чем география, указывает на генетическое сходство популяций.

Группа исследователей из Калифорнии, применив передовые математические методы, получила для распада праиндоевропейского языка дату 6500–5500 лет назад, что соответствует гипотезе, согласно которой прародина индоевропейцев была в степи. Однако лексический материал, взятый ими для анализа, не выдерживает критики, поэтому достоверность результата в целом оказывается сомнительной.

В этой статье автор, профессор Л. С. Клейн, рассматривает ряд книг и статей по этногенезу, явно дилетантских, даже если их авторы и принадлежат к сословию ученых (обычно в науках, далеких от темы исследований). Украинские авторы упирают на украинское происхождение индоевропейцев, российские – на исключительную древность праславян и их тождественность с ариями.

Впервые по анализу древней ДНК удалось изучить, по каким генам и в каком направлении в популяциях Европы в последние 8 тысяч лет действовал естественный отбор. Под отбором находились аллели толерантности к лактозе, пигментации кожи и глаз, метаболизма, а также роста и веса.

Существует ряд методов обнаружения в геноме современного человека фрагментов ДНК, заимствованных из древних популяций. Среди них есть генетические варианты, имеющие приспособительное значение в изменившихся условиях внешней среды и оказавшиеся под положительным отбором.

В 2015 году вышла книга украинского профессора и членкора Украинской академии наук А. Г. Химченко с сенсационными выводами о прародине индоевропейцев. В рецензии на эту книгу профессор Л. С. Клейн оценивает ее как низкопробную халтуру, невысоко ставит и самого автора.

В геноме современного человека на территории Европы возрастом 37-42 тыс. лет найдено 6-9% неандертальской ДНК. Она была приобретена всего 4-6 поколений назад. Это означает, что метисация сапиенсов и неандертальцев случалась не только на Ближнем Востоке но и в Европе.

Критический анализ концепции происхождения индоевропейцев Т.В.Гамкрелидзе и В.В.Иванова предлагает историк Сергей Конча, научный сотрудник Киевского университета им. Шевченко.

Генетики секвенировали 102 древних генома и обнаружили динамичную картину перемещений, смешений и замещений популяций Евразии в бронзовом веке. По мнению авторов это дает ключ к загадке распространения индоевропейских языков.

Генетики показали родство «Кенневикского человека» с популяциями американских индейцев, а не с полинезийцами и айнами, как первоначально решили антропологи.

Анализ полногеномных данных современной популяции Египта и других африканских популяций привел генетиков к выводу о преобладании северного пути (через Египет) при выходе Homo sapiens из Африки.

Исследование генофонда Индии по полногеномной аутосомной панели GenoChip указало на преобладание в нем юго-западноазиатского компонента. Также ученые выяснили, что генетический ландшафт Индии довольно точно совпадает с географическим и лингвистическим делением её населения.

Полное секвенирование Y-хросомомы в 17 европейских популяциях показало, что от 2,1 до 4,2 тысячи лет назад почти по всей Европе началась Y-хромосомная экспансия — резкое увеличение эффективного размера популяции по мужской линии.

Публикуем аналитический обзор дискуссии "Спор о прародине индоариев" от историка, востоковеда, специалиста по древним и современным коммуникациям В.А.Новоженова. В обзоре разбираются аргументы "за" и "против" автохтонной концепции происхождения индоариев и анализируются многочисленные артефакты, свидетельствующие о возникновении и развитии колесных транспортных средств.

Публикуем статью доктора истор. наук Ю.Е.Березкина о том, что изучение распространения фольклорных мотивов может стать источником данных о миграциях популяций.

Накопленные данные по частотам микросаттелитных гаплотипов Y-хромосомы позволили исследователям обнаружить 11 крупных родословных кластеров в Азии. Их основателей можно считать отцами-основателями современной азиатской популяции, наряду с Чингисханом (Тимучином) и Гиочангом.

Публикуем аналитический обзор доктора истор. наук Л.С.Клейна дискуссии о происхождении индоариев. В данном обзоре Л.С.Клейн представил все обсуждаемые гипотезы, их аргументы и контраргументы, приводимые участниками дискуссии.

Дискуссия, которая развернулась в формате комментариев к заметке на сайте «Полное секвенирование отдельной гаплогруппы измеряет мутации и выявляет миграции» http://генофонд.рф/?page_id=2536. Тема происхождения индоариев, которая лишь косвенно относится к предмету исследования генетиков, вызвала бурные дебаты между сторонниками разных гипотез.

Перепечатываем беседу профессора Е.В Балановской с главным редактором журнала "Панорама Евразии"(Уфа) А.Т. Бердиным. Чем занимается наука геногеография? И почему ей необходимо решительно отмежеваться от ненаучных джунглей ДНК-генеалогии А. Клесова? Чем чреваты попытки дилетантов писать "народную генетическую историю"? Какие субъективные и объективные факторы позволили допустить квази-науку в здание Президиума РАН на карачаево-балкарской конференции?

Скифы – один из немногих бесписьменных народов древности, от которых до нас дошли и самоназвание, и достаточно подробные и в целом заслуживающие доверия сведения иноязычных нарративных источников. Тем не менее происхождение скифов остается предметом споров.

Изучив 456 секвенированных Y-хромосом из популяций по всему миру, исследователи уточнили и дополнили Y-хромосомное филогенетическое дерево, определили скорость мутирования на Y-хромосоме и обнаружили резкое снижение эффективного размера популяции по Y-хромосоме в районе 10 тысяч лет назад.

Исследователи нашли, что в современных популяциях европейцев и азиатов циркулируют фрагменты ДНК, составляющие около 20% генома неандертальцев. У азиатов их оказалось больше, чем у европейцев. Некоторые неандертальские аллели в геноме Homo sapiens поддерживались положительным отбором.

На основе полного секвенирования Y-хромосомной гаплогруппы G1 российские и казахские генетики построили детальное филогенетические дерево, вычислили скорость мутирования и генетически обосновали генгеалогию казахского рода аргынов.

Публикуем сокращенный вариант ветви дискуссии о гаплогруппах, языках и этносах к статье «ДНК-демагогия Анатолия Клесова», опубликованной в газете «Троицкий вариант-Наука». Обсуждение актуальных вопросов, затронутых в дискуссии, представляет интерес не только для ее участников, но и для широкого круга специалистов.

Представляем фрагменты из презентации доктора физико-математических наук, академика РАН Евгения Борисовича Александрова, председателя Комиссии по борьбе с лженаукой РАН «Лженаука в XXI веке в России и мире».

Продолжаем публиковать фрагменты из статьи археолога, этнолога и антрополога, доктора исторических наук Виктора Александровича Шнирельмана «Излечима ли болезнь этноцентризма? Из опыта конструирования образов прошлого — ответ моим критикам».

Публикуем фрагменты из статьи археолога, этнолога и антрополога, доктора исторических наук Виктора Александровича Шнирельмана «Излечима ли болезнь этноцентризма? Из опыта конструирования образов прошлого — ответ моим критикам», опубликованной в журнале «Политическая концептология» в 2013 году.

Урарту, скифы, аланы... Статья Л.С.Клейна в "Троицком варианте" о том, как народы бывшего Советского союза борются за право считаться потомками тех или иных древних народов.

«Битва за аланство» вспыхнула с новой силой. Некий анонимный документ, появившийся в интернете под видом резолюции карачаево-балкарской конференции 2014 года, уже привлек внимание общественности. Специалисты разбирают этот документ с позиций науки.

Впервые проведен полноценный тест современных филогенетических методов на лексическом материале лезгинской языковой группы.

Представляем интервью о проблемах этногенеза, опубликованное на сайте Полит.ру, с доктором исторических наук, археологом и филологом профессором Львом Самуиловичем Клейном и доктором биологических наук, генетиком и антропологом профессором Еленой Владимировной Балановской.

Слайд-доклад О.П.Балановского на междисциплинарной конференции в Звенигороде посвящен изучению древней ДНК, современных генофондов, а также сотрудничеству генетиков и этнографов.

Экспедиции в Крым проводились на протяжении четырех лет (2010-2013 годы) дружным международным коллективом – украинских и российских генетиков при активной поддержке и участии Меджлиса крымскотатарского народа и многих представителей крымских татар. Цель этой работы - реконструировать все составные части генофонда крымских татар.

Генетики изучили рекордное число образцов древней ДНК европейцев и нашли признаки миграции в центральную Европу из причерноморских степей около 4,5 тысяч лет назад. После появления новых генетических данных споры о происхождении индоевропейцев разгораются с новой силой.

Слайд-доклад Е.В.Балановской на междисциплинарной конференции в Звенигороде выявляет разногласия между генетиками и этнологами и предлагает конкретные шаги для их преодоления.

Чем занимается каждая из этих областей - популяционная генетика и генетическая генеалогия? На этот вопрос отвечают по-разному. В первом диалоге мы попробуем выяснить, как мы видим наши сферы действия.

Чем занимается популяционная генетика и генетическая генеалогия? На тот же самый вопрос, что и в первом диалоге, отвечают два известных представителя этих областей - Олег Балановский и Вадим Веренич.

Перепечатываем коллективную статью ученых в газете «Троицкий вариант-наука», обеспокоенных снижением иммунитета научного сообщества, допустившего дилетантское выступление А.Клесова на академическую трибуну.

В связи с выходом нового исторического журнала «Исторический формат», (о чем сообщил сайт Переформат .ру) мы обратились к историку О.Л.Губареву с просьбой прорецензировать те статьи этого журнала, которые близки его профилю.

Яндекс.Метрика © Генофонд.рф, 2015