Марина Чухряева, н. сотр. лаб. геномной географии ИОГен РАН и лаб. популяционной генетики человека МГНЦ
Нашим коллективом (лаборатории популяционной генетики ФГБНУ «МГНЦ» и лаборатории геномной географии ИОГен РАН) недавно было закончено масштабное исследование генофонда Юго-Западной Азии (Balanovsky et al., in prep). Поэтому статья «Mapping Post-Glacial expansions: The Peopling of Southwest Asia» представляет особый интерес, позволяя сравнить выводы работ двух коллективов, независимо работавших над одной и той же проблемой.
Главные выводы этих двух работ полностью согласуются, а вот интерпретация и используемые доказательства довольно сильно различаются. В обоих исследованиях выявлено подразделение региона на 3 различные зоны (с некоторыми отличиями, но для простоты назовем их так): Кавказ, Анатолия и Аравийский полуостров. Особенно наглядно сходство полученных результатов проявляется на графиках главных компонент из статьи Daniel E., Platt et al. и многомерного шкалирования из статьи Balanovsky et al.. Несмотря на разные системы – широкогеномную панель и маркеры Y-хромосомы, полученные картины крайне схожи.
В нашей работе показано, что географический рельеф (горная/равнинная местность) создал и генетический барьер между генофондами Анатолии странами Аравийского полуострова. В работе Daniel E., Platt et al. дано другое объяснение обнаруженным отличиям – они объясняются существованием древних рефугиумов. При этом другие гипотезы, объясняющие выявленную картину, просто не рассматриваются.
Одним из доводов в пользу своей гипотезы, авторы выдвигают результаты Admixture. При этом данный вид анализа представлен несколько отличным от общепринятого образом – даны расчеты лишь при небольшом количестве K, меняется цветовая кодировка компонент при переходе на следующее количество K, не приведены показатели достоверности для каждого из вариантов.
Некоторое удивление вызывает и формулирование выводов о генофонде Кавказа на основании данных об одной лишь Грузии.
Таким образом, в статье представлено много новых данных, дана их интересная интерпретация. Когда будет опубликована статья нашего коллектива по генофонду Юго-Западной Азии, читатели смогут сравнить две версии, объясняющие структуру генофонда региона. Но в любом случае, с появлением все большего количества методов анализа полногеномных данных, становится понятно, что помимо ярких выводов нужно очень внимательно знакомиться с методами используемыми авторами, вникать в технические подробности проведенного анализа и только тогда с уверенностью принимать заключения авторов.
Два вопроса:
1. Когда примерно ожидается публикация вашей статьи?
2. Прошлым летом вышел ряд статей, посвящённых древней ДНК с Ближнего Востока (Early Neolithic genomes from the eastern Fertile Crescent(Broushaki et al.), Genomic insights into the origin of farming in the ancient Near East(Lazaridis et al.), The Demographic Development of the First Farmers in Anatolia(Kılınç et al.), The genetics of an early Neolithic pastoralist from the Zagros, Iran(Gallego-Llorente et al.)) Насколько я понимаю там получили другие выводы. К сожалению авторы статьи о которой вы говорите не успели учесть новые данные. Удалось ли вам провести сравнение с данными палеогенетики?
Спасибо!
Про даты выхода публикации Елена Владимировна уже ответила — весной должна выйти статья.
Что касается второго вопроса, то мы постарались учесть новейшие данные при написании работы. Выводы нашей работы основаны на нескольких типах данных: анализе полиморфизма SNP и STR маркеров Y-хромосомы и изучении последовательностей Y-хромосомы секвенированных с помощью полногеномных технологий.
Во всех перечисленных вами работах работа велась с древней ДНК и сравнение велось по полногеномным данным. Соответственно мы брали в аназиз из этих работ лишь результаты полногеномного секвенирования Y-хромосом, принадлежащих к гаплогрупе R1b древних образцов.
Работа Kılınç et al. появилась когда наша статья уже проходила рецензирование и с данными представленными в ней мы не проводили сравнение. Так же по техническим причинам не все образцы удалось включить в анализ.
Что касается выводов этих работ, то несмотря на то что все они посвящены изучению одного региона, каждая сосредоточена на решении определенной проблемы. Но, да, вы правы, в чем-то их выводы расходятся и было бы интересно и полезно, если бы вышла обобщающая статья, учитывающая все данные по разным типам маркеров, полученные за разные годы для этого региона.
Означает ли это что ваша статья сфокусирована на одной гаплогруппе? Т.е. она в идейном плане аналогична большой статье о гаплогруппе N(Human Y Chromosome Haplogroup N: A Non-trivial Time-Resolved Phylogeography that Cuts across Language Families, Ilumäe et al.)?
Нет, в идейном плане она отлична от приведенной Вами статьи. Основной упор сделан на анализе популяций Закавказья, их генетического положения в контексте популяций Юго-Западной Азии. А поскольку гаплогруппа R1b важна для понимании структуры генофонда региона, она дополнительно была изучена глубже, чем остальные варианты.
Но тотальный скрининг как в работе Ilumäe et al не проводился.
Присоединяюсь к вопросу, очень интересно!
Надеюсь, что в апреле-мае статья выйдет.